其他各令史分别掌管诸曹文书。
司徒府
司徒公：简称“司徒”，一人，三公之一，主“人”。光武帝即位时称“大司徒”，建武二十七年，去“大”称“司徒”。建安末，改司徒为“相国”。
职权：
1，执掌百姓事物，凡有关百姓孝悌、恭顺、生老病死的事情，皆要商议并建立制度。
2，负责督导百姓致力与本业，岁末上奏优劣并加以赏罚。
3，国家举行祭祀大典时，负责监察祭祀用的牺牲和清洗祭器。
4，国家大丧时，负责安葬相关的事物。
5，国家有大事时，司空、太尉共同商议对策。
长史一人，千石。掾属三十一名，令史、御属三十六名。
辞曹：掌天下狱讼。
司空府
司空公：简称“司空”，一人，三公之一，主“地”。古官名，秦不置，设御史大夫，汉承秦制。至成帝时，改为“大司空”，哀帝建平二年，改回“御史大夫”，元寿二年，又改回“大司空”。东汉建武二十七年，去“大”称“司空”。献帝建安十三年，罢司空，改回“御史大夫”。后御史大夫郗虑被免职，御史大夫从此不设。
长史一人，千石。掾属二十九名，令史、御属四十二名。
军师祭酒：建安三年，曹操在许县设置，后避司马师讳，称“司空军祭酒”。选通晓法律者担任，负责典察军中刑狱。后，废司空，改属丞相府，称“丞相军祭酒”。
大司马：古官名，汉武帝元狩四年，罢太尉，置“大司马”，用来作为将军的“加官”。安帝地节三年，设置大司马，不用做加官，无印绶，也无官署。成帝绥和元年，初赐大司马金印紫绶，设置官属，禄比丞相。哀帝建平二年，又除去大司马印绶、官属，仍用来作为将军的加官。元寿二年，复赐大司马印绶，置官属，去将军，位在司徒上。东汉建武二十七年，罢“大司马”复置“太尉”。
“大司马”本不与“太尉”并置，至灵帝末，以刘虞为大司马，太尉不变，自此，太尉与大司马同时设置。
仪同三司：又为“仪比三司”。后汉章帝建初三年，使车骑将军马防班同三司。同三司之名，自此始也。殇帝延平元年，邓骘为车骑将军，仪同三司。仪同之名，自此始也。
九卿分属三公管辖：其中，太尉负责太常、卫尉、光禄勋。
太常寺：
太常：一人，九卿之一，中二千石。助祭时戴平冕七旒。以忠敬孝慎者居之。献帝建安年间，改为“奉常”。
职权：
1，主管礼仪、祭祀。祭祀之前负责上奏祭祀的礼仪章程。
2，举行大典时，引导皇帝行礼。
3，考选博士时，上奏其才能高下。
4，每月月终，巡视各处陵墓宗庙。
太常寺丞：一人，比千石。多用议郎、博士担任。负责掌管小规模的典礼与祭祀；领导各曹事务，并负责检举庙中非法之事。戴两梁进贤冠，铜印墨绶。
太常主簿：
太史令：一人，六百石。掌管天文历法。年终时，上奏新年的年历；国家举行各种祭祀大典时，负责上奏吉日以及时节禁忌之类的事情；当国家有吉祥的征兆、自然灾害或异常的征兆时，负责记录。
配铜印墨绶，戴进贤一梁冠，身着绛色朝服。
太史丞：一人。
明堂丞：一人，比二百石，负责守护“明堂”。
灵台丞：一人，比二百石，负责守护“灵台”；并负责观测日月星辰。
协律都尉：
国子监：
博士祭酒：一人，六百石。原称“仆射”，东汉时改称“祭酒”。
博士：十四人，比六百石。执掌教育博士弟子，国家有疑难时，负责答疑解惑。
易博士：四名，负责教授“施氏”、“孟氏”、“梁丘氏”、“京氏”四种。
尚书博士：三名，负责教授“欧阳氏”、“大夏侯氏”、“小夏侯氏”三种。
诗博士：三名，负责教授“鲁”、“齐”、“韩氏”三种。
礼博士：二名，负责教授“大戴氏”、“小戴氏”两种。
春秋博士：二名，负责教授“严氏”、“颜氏”两种。
太祝令：一人，六百石。举行祭祀大典时，负责宣读祝文，并负责迎神送神。
太祝丞：一人，负责小规模祭祀时的祝神。
太予乐令：一人，六百石。本名“太乐令”，东汉永平三年改“太予乐令”。掌管乐伎、乐器。国家举行大典时，负责与奏乐的相关事宜。
汉太乐律：身份卑微的人，不得给宗庙祭祀时的伴舞。舞者要选取官秩二千石到六百石间，以及爵位是关内侯到五大夫的后代，取身高五尺以上，年龄十二到三十，外表和顺，身体循理者。
大予乐丞：一人。
高庙令：一人，六百石。负责守护汉高祖庙的巡逻清扫。