却说裴寂劝李渊诛杀西秦众将士，李渊却一时犹豫不决。沉思一阵后方道：“二郎所言，也不无道理。只怕杀戮太重，则陇右难安。”
裴寂道：“虽是如此，陛下亦不可太过仁慈，遗留后患。”
这时，一直在一旁默不作声的陈叔达开口道：“依臣之意，明日陛下可亲自处置西秦众降将，仅治薛仁杲兄弟及几名恶之罪，余者皆从优赏赐。如此，可既除去后患，又可安定人心。并使天下人皆知圣心仁爱，赏罚分明。岂不两全其美。”
原来自窦威在三个月前去世后，陈叔达已顶替他晋升为侍中，成了李渊心腹重臣，深受李渊信任。此刻听到陈叔达的建议后，李渊默默点头，却并未马上开口。
数日后，李世民率大军回到长安，李渊令太子李建成亲自出城外迎接。兄弟二人相见，李建成伸手拉过李世民，上上下下看了又看，道：“二弟可无恙？”
世民道：“大哥尽管放心，小弟身上无分毫损伤。”
李建成喜道：“如此便好。二弟此次平灭西秦，立下大功，自此关中安如泰山了。”
李世民也道：“此番小弟成此大功，全靠父皇信任与大哥帷幄筹划之功。常言道：‘兄弟同心，其利断金。’果非虚言。”
言罢，兄弟二人开怀大笑，携手上马，一同入城。
次日，李渊升太极殿，亲自处置众降将。李渊在御座坐定，先令人将百兽岭一干人众押上大殿。他故意不问张公谨，而是先对史大奈问：“你盘踞山岭，抗拒朝廷，杀掠百姓，你可知罪？”
却见史大奈厉声答道：“我一家老小，无衣无食，不反作甚！难道饿死不成！况你有吃有穿，尚且反了大隋，我何罪之有！”
秦王闻听此言，不禁暗暗叫苦。他本想收百兽岭众好汉入秦王府，却不料史大奈竟说出这么一番大逆不道之言，这让李渊如何饶他们不死？其余众人也莫不为百兽岭众人捏了一把汗。他们忍不住一起把目光投向李渊，却见李渊一脸愧疚之色，道：“你等哪知朕心！朕所以反隋，正为救天下百姓出水火也。今既已为尔等之君，却不能令尔等免受饥寒，朕之过也。凡百兽岭降众，可尽赦免其一切罪过。凡愿归乡者，给钱粮放还；愿留在军中效命者，一律编入秦王府。”
话音未落，大殿内顿时响起一片欢呼之声：“皇上爱民如子，我等愿留在军中效力。”
“陛下圣明！”
“陛下仁义豁达，实乃前古未有之明君。”
听到这一片赞颂之声，李渊脸上不禁浮现出一丝得意之色，又把目光瞥向秦王。只见秦王如释重负般趋步出列，道：“陛下仁爱圣明，实乃古所未闻。”
李渊摆摆手，又道：“我闻我儿甚爱张公谨、史大奈之勇，今皆赐予你，令其助你杀敌立功。”
秦王忙跪倒谢恩：“儿臣谢陛下！”
待秦王退入班列，李渊又微笑道：“以往人皆称二郎小霸王，薛仁杲亦自称西秦霸王。今我儿力破仁杲，当称赛霸王才是。”
群臣闻言，纷纷赞道：“陛下所见英明，虽楚霸王再世，岂堪比秦王英武乎！”
自此朝野都称秦王为“赛霸王”。随即李渊又传旨将薛仁杲押上大殿。此时的薛仁杲虽已为阶下囚，却依旧不肯放弃英雄气概，昂着头步入大殿，见到李渊，却不肯下拜。李渊见状，怒道：“薛仁杲，你知罪吗？”
薛仁杲神色不变道：“某家不知所犯何罪。”
李渊道：“你父子自起兵以来，盘踞陇右。我大唐肇基，天下莫不响应，你不知归顺，反屡屡犯我疆界，实乃罪不容诛。焉敢诡辩，自称无罪！”
薛仁杲冷冷一笑：“隋失其鹿，天下人共逐之。陛下以此诛某家，则可谓天下人人当诛，陛下又能与谁共治天下？”
李渊闻言冷笑道：“你果然诡言善辩。此罪朕可以不加追究，但你治理陇右以来，暴虐不仁，祸害百姓，荼毒生灵，对此你有何辩解？”
薛仁杲见李渊一再罗列自己的罪状，料知凶多吉少，但却仍不肯服软，干脆厉声道：“某家虽有罪，但秦王已许某家不死。莫非陛下要食言而肥？”
李渊道：“朕若饶你不死，如何对得起被你杀害的唐军将士及在你刀下枉死的陇右百姓！秦王虽许你不死，朕却未曾有此允诺。来人，与我押下大殿！”
说罢，便传旨将薛仁杲、薛仁越兄弟及张贵、仵士政四人一并斩治罪，随即又将钟俱仇传至大殿。钟俱仇自以为必死无疑，不禁两腿打颤，却见李渊开口道：“钟俱仇，你以为朕诛此四人，可否妥当？”
钟俱仇忙颤声道：“陛下所为，无有不妥。罪臣之罪，不减于四人，陛下诛臣，臣不敢有一句怨言。只求陛下饶过臣一家老小。”
李渊闻言，微微一笑：“朕若恕你无罪，你可愿为朕效力。”
钟俱仇闻言，两眼不觉一亮，忙道：“陛下若恕臣不死，臣必以此残躯为陛下效犬马之劳。”
李渊又道：“朕闻听爱卿在陇右军民及诸羌之中颇着威信，你可愿替朕镇守陇右，保一方平安？”
钟俱仇闻言大喜，忙道：“若蒙陛下委任，臣虽粉身碎骨，难报陛下天恩。”
李渊道：“既如此，你可留在京师歇息数日，然后前往陇右替回刘文静。”
又传令其余西秦降人，一律加以封赏，宗罗睺、翟长孙等大将都归入秦王府听用。随即又对有功将士大加封赏，秦王加封太尉，房玄龄加封为秦王府长史，杜如晦加封秦府司马。段志玄、长孙无忌等各加五阶。殷开山官复原职，刘文静恢复原有爵位并封为民部尚书。对宁死不肯降敌的刘感厚加封赏，刘感已死，将所赠官爵转赐于其子。此外，刘弘基、长孙顺德、柴绍等参加了平薛仁杲之战的元从诸将皆封诸卫大将军。
西秦平灭，唐政权的地位得到了极大巩固。李渊决定暂且休兵养民，治理关中。为了让百姓安居乐业，李渊颁了租庸调制，每位丁男授田百亩，每年交租赋谷二石，绢二匹，并服徭役二十天，无故不得加赠。军事上建立府兵制，在地方设置军府，在朝廷设十六卫，各卫设大将军、将军，由威望素着的将领担任，统一管理地方府兵。各地府兵农忙时节耕作，农闲时练兵，平时为民，战时为兵。此外，李渊还重视澄清吏治，对境内官员进行了全面考核。特意将敢于直言进谏的李纲和孙伏伽、勤廉爱民的刺史唐临排名第一等，以激励群臣效仿。又在境内广招贤才，凡有贤才来投，一律依才授任。李渊得知李密麾下的魏征才略过人，特将其召入太子府，为太子洗马。李刚又向李渊推荐了太原名士王珪。这王珪字叔玠，本是南梁名臣王僧辩嫡孙，世代贵族。自幼好学，生性淡雅，有气节，有胆识，故名重一时，深为李纲所赏识。李纲见李渊要广招贤才，治理关中，便将他推荐给李渊。李建成素闻王珪之名，便请父皇封王珪为太子中舍人。此外还有一人，姓薛名收，字伯褒。本河东汾阴人士，是隋朝名臣薛道衡之子。自幼聪颖好学，十二岁便以文章闻名，因父亲被隋朝所杀，故此立志不肯出仕。天性忠贞，有大志，不仅文才过人，而且颇有韬略。得知唐朝广招贤才，便来到房玄龄府中求见。交谈中，房玄龄现薛收才略过人，便举荐给秦王。秦王与之交谈，大喜，立即奏明李渊，将他招到王府为主簿，与房、杜、长孙无忌同为心腹，共理机密军务。李渊父子三人与众贤才齐心协力，励精图治，使得大唐境内气象一新。天下百姓携家带口纷纷迁居关中，各地贤才莫不千里来投。
这一日忽有人来报，夷陵郡丞许绍，亲自来献黔安、武陵、澧阳等郡。原来这许绍字嗣宗，安州安6人士，世代贵族。此人胆识过人，颇有谋略。隋末本为夷陵通守。年轻时与李渊为友，情谊深厚。李渊登基以来，曾多次遣使招抚许绍，但许绍一直忠于隋朝，不肯来投。近来见王世充专权日甚，料知他不久必定篡位自立，隋朝终将灭亡，故此才举所辖之地投唐。
李渊得知许绍来投，大喜过望，连忙传旨召见。不一时，便见许绍稳步走入大殿。只见许绍五十上下年纪，身高七尺有余，体态魁键，面如银盆。穿一身蓝色衣袍，脚下穿一双官靴，面色从容，举止稳健。见到李渊，连忙下拜：“臣投陛下来迟，望请恕罪。”
李渊忙亲自上前扶起，道：“贤弟来了就好。多年不见，真真想杀为兄了。”
寒暄过后，李渊与许绍促膝交谈。李渊便问道：“贤弟就在江淮，辖地与萧铣相连，必知其虚实。有何见教，可细细讲于为兄听。”