神宗变法时，旧党被废，苏轼乌台诗案即生于此时。后来，神宗死后，哲宗嗣位，高太皇太后主政，新法尽废，王安石被罢，退居金陵。太皇太后死后，哲宗亲政，随即再度废除旧法，恢复神宗新法。王安石已不再掌握朝政，但从此宋朝陷入新旧党争的泥沼，不能自拔。
苏轼关押在御史台时遭到了严刑逼供。在当时同样被关押在御史台中，与苏轼只有一墙之隔的苏颂听到了审讯时对苏轼的辱骂，并在诗中写下了“遥怜北户吴兴守，垢辱通宵不忍闻”这样的句子。
在御史台，苏轼承认了所有被弹劾的罪名。御史台向皇帝汇报后，神宗大为不满，认为苏轼还有隐瞒，下令一定要查出牵连的所有人！
就这样，苏轼的《和韵答黄庭坚二》被扣上了大骂新进的帽子；给好友王诜《汤村开运河雨中督役》被安上了抨击生事的名头。
《和韵答黄庭坚二》其一：
“君吟春风花草香，我爱春夜璧月凉。
美人美人隔湘水，其雨其雨怨朝阳。”
其二：
“兰荃盈怀报琼玖，冠缨自洁非沧浪。
道人四十心如水，那得梦为胡蝶狂。”
《汤村开运盐河雨中督役》诗曰：
“居官不任事，萧散羡长卿。
胡不归去来，滞留愧渊明。
盐事星火急，谁能恤农耕。
薨薨晓鼓动，万指罗沟坑。
天雨助官政，泫然淋衣缨。
人如鸭与猪，投泥相溅惊。
下马荒堤上，四顾但湖泓。
线路不容足，又与牛羊争。
归田虽贱辱，岂识泥中行。
寄语故山友，慎毋厌藜羹。”
新党在每一篇诗文中抠字眼，苏轼被扣上了无数的帽子，这些罪名的由来都是牵强附会的，根本曲解了或者过分夸大了苏轼的本意。
以李定为的这一部分新党恨不得置苏轼于死地。他们甚至检举苏轼的《王复秀才所居双桧》是对当今天子怀有不臣之心，说“根到九泉无曲处，世间唯有蛰龙知”这两句有问题，“陛下飞龙在天，轼以为不知己，而求之地下之蛰龙，非不臣而何？”
神宗虽然是授意者，但是也逐渐受不了这种“莫须有”的罪名，他回答：“诗人之词，安可如此论！彼自咏桧，何预朕事？”
神宗先松了口，救援活动也在朝野同时展开，不但与苏轼政见相同的许多元老纷纷上书，就连当时已罢职的王安石也上书求情说：“安有圣世而杀才士乎？”
苏轼坐牢一百多天，几次濒临被砍头的境地。幸亏太祖赵匡胤当年定下“不杀士大夫及上书言事者”的国策，苏轼在死亡边缘捡回了一条命。
元丰二年（1o79年）十二月二十九日，被囚御史台狱中一百三十天的苏轼终于获释，并在两个月后被贬为黄州（今湖北黄冈）团练副使，本州安置，受当地官员监视。
乌台诗案虽然告一段落，但是这并不是新旧两党之间争斗的终点。相反，党政之争愈加严重，双方都恨不得置对方于死地。
在诗文中寻找蛛丝马迹也成为了潮流，甚至到宋徽宗年间，这种攻击方式依然大行其道。难以想象，就连陶渊明、李白、杜甫等文豪的着作也一度遭到禁毁。
更为甚者，在北宋亡国前夜，金兵铁蹄临近，但是城中的大夫们依然互相攻讦，丝毫没有一点觉悟，何其可悲！