崇祯十七年，清顺治元年十月，左懋第到达北京张家湾，清摄政王令左懋第入居四夷馆。
左懋第严词拒绝说“我是奉朝廷之命来酬谢贵国灭闯之义，若以属国礼相见，我宁死不入。”摄政王只得遣官骑迎左懋第住进鸿胪寺。
双方相见后，清方大臣指责安宗即位为僭，左懋第大义凛然，驳斥了清方谬论。
在面对清王朝的种种威胁和侮辱，他愤怒地予以斥责并据理力争，始终不辱使命。
十月二十七日，清方遣左懋第南返，十一月五日行至沧州，被清兵追回，独放陈弘范南返。
左懋第被押回北京后禁锢在太医院，摄政王不断派人前去劝降，左懋第手书一联明志“生为明臣，死为忠鬼。”
并画了一幅苏武牧羊画像，挂在墙上以自励，劝降者进门，他便指着对联说“此为我志，不必多说！”
之后清强迫汉族人民剃易服，左懋第随员中有人剃了，左懋第立即令人将他杖毙。
清廷以擅杀人命的罪名将他逮下刑部，次日摄政王召见左懋第，左懋第丧冠白袍南面坐于阶下不拜亦不语。
摄政王还不放弃劝降的企图，令明朝降官逐个劝说，有个降官说“左先生何不知兴替？”
左懋第鄙夷地瞟了他一眼说“兴替，国运之盛衰，廉耻，人臣之大节。先生知兴替，知不知廉耻？”一句话说的再也没人敢作声了。
摄政王说“尔是明臣，为什么食清粟半载而不死？”左懋第说“是你们夺了我大明之粟，何曰我食尔粟？
我国家遭此大难，并不是亡国亡种，你不要高兴得太早。我左懋第今日只有一死，何必多言！”
弘光元年，闰六月二十日，清政府终于决定将他杀害，遂被押往菜市口。在刑场上，清摄政王多尔衮再次劝降，左懋第坚贞不屈不为所动，时年四十五岁。
左懋第就义后，人们现了他在太医院写下的绝命词“峡坼巢封归路回，片云南下意如何？寸丹冷魄消磨尽，荡作寒烟总不磨！
他是这个时代着名政治家、外交家，民族英雄，因他富有民族气节宁死不肯投降满清，被人民誉为明末的文天祥。
因此，在以后与其他国家沟通谈判之事都可以交给他来总理，现在嘛，也可以把它放在其他重要的位置。
除此之外，还有袁继咸因拒绝降清以身殉国，民族气节为后人所敬仰，曾与文山（文天祥）、叠山（谢枋得）并称为江右三山。”
崇祯听后大为感叹“这些人都是我大明的忠贞之士，定要大用之，朕相信我大明定能中兴的。”
此时王承恩已经回来了，遂对王承恩道“大伴，让左懋弟入京，职衔再定，总督袁继咸加太子少保。
蒙萌其一子为锦衣卫百户，若年少入国子监读书，另外，孙沈左袁四人妻母封二品浩命。
在其家乡修石坊，朕要让他们光宗耀祖，要让天下所有人都知道，凡我大明忠贞之士，我大明必会厚待。
对了，沈延扬就以其在松锦之战所做之事为由吧。”
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