二十六年（庚戌，公元5o年）
正月，光武帝下诏，增加百官的俸禄。千石以上的官吏，低于西汉旧制；六百石以下的官吏，高于西汉旧制。
开始兴建皇陵。光武帝说“古代帝王的随葬之物，全都是陶人、瓦器、木制之车、茅编之马，使后世的人不知道陵墓所在。文帝明了生死的真义，景帝能够遵从孝道，所以经历了天下大乱的变故之后，霸陵唯独有幸保全，这岂不是美事吗！
现在设计的陵墓，占地不过二三顷，不起山陵，不修池，只令不积水而已。使陵墓在改朝换代之后，能与丘陇泥土成为一体。”
光武帝下诏，派中郎将段彬、副校尉王郁出使南匈奴，为南匈奴建立王庭，距五原西部塞八十里。汉朝使者命令单于伏地跪拜，接受诏书。
单于犹豫片刻，于是伏地，自称臣属。跪拜完毕后，他命翻译告诉汉朝使者说“单于新近即位，在左右群臣面前跪拜实在羞惭，希望使者不要在大庭广众中使单于屈节。”光武帝下诏，听任南单于进入云中郡居住。汉朝自此设置使匈奴中郎将，领军护卫。
夏季，南单于所俘虏的北匈奴左贤王带领旧部及南匈奴的五位骨都侯，共计三万多人，叛变北逃，在距北匈奴王庭三百余里处，自立为单于。
一个多月以后，生了内讧，每天互相攻击，五位骨都侯全部死去，左贤王自杀，五位骨都侯的儿子们各自拥兵独立。秋季，南单于派遣儿子到汉朝做人质。光武帝下诏，赐给南单于官帽、腰带、印玺、车马、金帛、武器及日用什物。又从河东郡调粮二万五千斛、牛羊三万六千头供给南匈奴。命令中郎将率领免刑囚徒五十人，跟随南单于，参与处理诉讼案件，并伺察动静。
到了年底，南单于便派使者呈送奏书，护送做新人质的王子到汉朝。汉朝则派谒者将上一次充当人质的王子送回单于王庭，赐给单于和王后、左右贤王及以下官员彩色丝绸一万匹，每年如此，成为常例。于是，云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门、上谷、代等八郡的流亡居民回到本土。
汉朝派出谒者，分别带领免刑囚徒修补整治城墙。并遣送内迁中原的边疆居民回到各县，对返归的人全都赐给治装费，调粮供应。此时沿边城郭已成废墟，需要清除瓦砾，重新建设，于是光武帝对先前的徙民之举感到后悔。
冬季，南匈奴五位骨都侯之子率领部众三千人回归南匈奴，北匈奴单于派骑兵追击，将他们全部俘获。南匈奴单于兵抵抗北匈奴，迎战失利。于是光武帝再次下诏，让南单于移居西河郡美稷县，命段彬、王郁留驻西河护卫。又命西河长史每年冬天带领二千骑兵、五百免刑囚徒协助中郎将护卫南单于，冬天屯驻，到夏天时撤走，从此成为常例。
南单于移民西河郡以后，依旧设立诸部落王，协助汉朝戍守北地、朔方、五原、云中、定襄、雁门、代郡。诸部落王全都率领部众为郡县巡逻侦察。北单于十分惊恐，送回了不少被掠走的汉朝居民，以表示善意。每当其突击部队南下南匈奴，经过汉朝的边塞亭燧，便致歉道“我们只是讨伐叛徒日逐王而已，不敢侵犯汉朝居民。”
二十七年（辛亥，公元51年）
夏季，四月戊午（二十一日），大司徒玉况去世。
五月丁丑（十一日），光武帝下诏，命将大司徒、大司空的“大”字全都去掉，并将大司马改为太慰。将骠骑大将军、代理大司马刘隆即日罢免，任命太仆赵熹为太尉，大司农冯勤为司徒。
北匈奴派使者到武威郡请求和亲。光武帝召集公卿在朝堂商议，决定不下。皇太子说道“南单于新近归附，北匈奴害怕遭到讨伐，所以倾耳听命，争着要归顺汉朝。如今我们没能为南匈奴出兵，却反与北匈奴交往，我担心南匈奴将生二心，而想要投降的北匈奴也不会再来了。”光武帝赞同这一见解，告知武威太守不要接待北匈奴使者。
朗陵侯臧宫、扬虚侯马武上书说“匈奴贪图利益，没有礼仪和信义，困难时向汉朝叩头，太平时便侵边掳掠。如今北匈奴遇到瘟疫，人马、牲畜病死，又遭旱灾、蝗灾，赤地千里，疲惫困顿不堪，实力抵不过汉朝的一个郡。万里之外的垂死性命，悬在陛下之手。福运不会再来，时机容易丧失，难道应当死守斯文道德而放弃武力吗？现在应当命令将领进驻边塞，悬以重赏，命高句骊、乌桓、鲜卑进攻北匈奴左翼。
如果这样，北匈奴的灭亡，不过数年之事。我们担心陛下仁慈恩厚，不忍开战，而参谋之臣又犹豫不决，使刻石铭记流传万代的功业不能在圣明的今世建立！”光武帝用诏书回报道“《黄石公记》说‘柔能克刚，弱能胜强。舍弃近处而经营远方，劳碌而无功效；舍弃远方而经营近处，轻松而有成果。所以说一心扩充地盘就会精疲力尽，一心推广恩德就会壮大强盛。
拥有自己所有的人，得到安宁；贪图别人所有的人，变得凶恶。残暴的政令，既便一时成功，也终将失败。’如今国家没有为民造福的政策，灾祸变异不断，百姓惊慌不安，不能保全自己，难道还要再去经营遥远的塞外吗？孔子说‘我恐怕季孙家的祸患不是外部之敌颛臾，而在内部。’
况且北匈奴的实力仍然强盛，而我们屯兵边境，开垦田地，戒备敌侵，传闻的事，总是多有失实。果真能以一半国力消灭大敌，岂不是我最高的愿望！若是时机未到，不如让人民休息。”从此，将领们不敢再建议用兵。
光武帝向赵熹垂问永保帝业之策。赵熹建议派遣诸侯王各回封国就位。冬季，光武帝开始派遣鲁王刘兴、齐王刘石前往封国就位。
本年，光武帝的舅父寿张恭侯樊宏去世。樊宏为人谦和谨慎，每逢朝会，总是提前到达，俯身待命。所上奏章都由他亲手书写，销毁底稿。朝会时皇上有所询问，他不敢当众对答。宗族受到他的影响，没有人触犯法令。光武帝对他十分敬重。
他病重的时候，遗命实行薄葬，不用任何随葬物品。他认为，棺柩一旦掩埋，便不应再见。如果棺木朽烂，会使子女伤心，所以他吩咐要与夫人同坟不同穴而葬。光武帝赞赏他的遗嘱，把他的遗书出示百官，并说“如今不顺从寿张侯的意愿，便无法显示他的品德；况且在我去世之后，也要依照此法。”
二十八年（壬子，公元52年）
春季，正月己巳（疑误），改封鲁王刘兴为北海王，将鲁国并入东海国。光武帝认为东海王刘强去就有礼，所以对他特别优待，加大封国，食封二十九县，并赐予虎贲武士、骑兵仪仗，以木架钟磬设礼乐，同帝王相仿。
夏季，六月丁卯（初七），沛太后郭氏去世。
当初，马援的侄婿王磐是平阿侯王仁的儿子。王莽败亡之后，王磐拥有巨额资产而成为游侠，闻名于长江、淮河之间。后来他前往京城，与皇亲国戚结为好友。
马援对姐姐的儿子曹训说“王姓是败落之家，王磐本应深居自保，可他反而与京城显贵交往，又意气用事，得罪了很多人，他必遭祸事。”过了一年多，王磐获罪被杀，而他的儿子王肃却重新出入王侯府第。当时禁令还不严密，诸侯王全在京城，竞相博取声誉，招揽宾客。马援对司马吕种说“建武开国，重建天下，从今以后，海内当日益安定。
我只是忧虑皇子们同时长大，而旧有的禁令未能恢复，如果广纳宾客，那么将会大狱兴起了。你们要警戒小心！”在这时，有人上书控告王肃等人出身受诛之家，却成为诸侯王们的宾客，恐怕会寻找机会，制造变乱。恰巧刘玄之子、寿光侯刘鲤受到沛王宠信，而刘鲤对刘盆子心怀怨恨，纠结宾客杀死了刘盆子之兄、前式侯刘恭。
光武帝大怒，沛王因此获罪，囚禁诏狱，三天后才被释放。于是下诏在全国各郡县搜捕诸侯王的宾客，加之互相牵连，诛杀者数以千计。吕种也遭此祸，他在处决前叹息道“马将军真是神人啊！”
秋季，八月戊寅（十九日），东海王刘强、沛王刘辅、楚王刘英、济南王刘康、淮南王刘延才前往各自封国。
光武帝召集百官，询问“谁人可任太子的师傅？”百官迎合光武帝的意思，一致说“太子的舅父、执金吾原鹿侯阴识可以担当此任。”博士张佚严肃地说“如今陛下立太子，是为阴家呢，还是为天下呢？若是为阴家，那么阴识可用；若是为天下，那么就定当用天下贤才！”
光武帝表示赞许，说道“我所以要设太子太傅，是为了辅佐太子，今天博士不难匡正朕的偏误，何况对于太子呢！”随即任命张佚为太子太傅，任命博士桓荣为太子少傅，赐予帷车、马匹。桓荣召集全体学生聚会，摆出光武帝赏给他的车马、印绶，说道“我今日蒙此荣幸，是得力于对古书的钻研，你们岂可不勉励自己吗！”