然而，就在一六四六年八月，洪承畴奉旨招抚各地官员时，来到了福州。洪承畴约郑芝龙密谈，郑芝龙依言而去。
洪承畴问郑芝龙：“你不惜花费钱财助唐王反清复明，是为了什么？”
郑芝龙说：“自然是为了功名利禄！”
洪承畴说：“俗话说，识时务者为俊杰，老朱家气数已尽，你若勉强为之，是逆天意而行。你一事无成不说，还会血本无归。”
郑芝龙想这一年来，自己花钱确实不少，但响应唐王反清复明之士并不多，大多数人都投到鲁王门下了。因此觉得洪承畴的话确有几分道理，却又不甘心如此放弃，便对洪承畴说：“你所说的话确实没错！但如果我继续扶持反清复明大业，还可望有成。然而我若现在放弃，那我以前的钱全白花了。”
洪承畴一听，便知郑芝龙在与自己讨价还价。心里一合计，便有了主意，笑对他说：“你若投诚于我，我有皇上的尚方宝剑，可保你既不亏血本，还能得功名！”
郑芝龙一听，心想：助唐王反清复明是为了功名，投降洪承畴也是为了功名，权衡二者，还是投降洪承畴容易些，而且自己不吃什么亏，郑芝龙便答应了。
郑芝龙答应降清之事，被其子郑成功得知。郑成功觉得父亲为一己之私利，而置国家民族大业于不顾，是大逆不道。他当时便去质问父亲，问他为何投降清兵？父子俩进行了针锋相对的谈话。
郑成功说：“父亲若为财富与功名而投降洪承畴，必落千古骂名！”
郑芝龙说：“若为了不背骂名，而让我损失财富与功名，我是死也不干！”
郑成功说：“父亲，你怎么如此糊涂？”
郑芝龙骂道：“逆子！到底是谁糊涂？背不背个骂名有何关系？从来没有听说有人被骂死的！现在有人骂我，我可以装作没听见，将来有人骂我，我更听不见！”
郑成功说：“父亲是会听不见的，可你的子孙会听见的。”
郑芝龙说：“天下非朱家一人之天下！朱家能得之，别人也能得之！现在朱家的气数已尽，别人取而代之，为何不可？”
郑成功说：“父亲既有现在，又何必当初？”
郑芝龙说：“为父当初助唐王帝业是为了保住郑家之家业，现在降清也是为了保住郑家之家业，为父没有错！”
郑成功见无法劝父亲回心转意，心里极为悲伤，只得闷闷不乐离开父亲。想起自己即将与父亲分道扬镳，心里更加不是个滋味。然而，他实在不能舍弃隆武帝。这不仅是因为他有反清复明的志向，更是因为隆武帝对自己有知遇之恩。