当初，贺人龙为防备孙传庭斩杀自己，从咸阳带来一万五千人马，可谓倾巢而出。
后来为对抗榆林固原总兵的讨伐，贺人龙又临时招募两千人，补充贺家军兵力。
潼关鼠疫爆前，贺家军在潼关驻军兵力约为一万七千人。
持续半个月的鼠疫造成贺家军三千人损失，单是周国卿驻守的怀远门一带就病死过五百战兵。
怀远门大战期间，贺家军各门守军，战死、被俘、逃窜者过六千。
最后，投降孙千户的贺家军，约有七千多人。
孙世瑞下令，所有投降人马，把总以上将官暂时关押，其余兵士任其去留。
当下又散去千人。
孙世瑞很清楚，这一千人离开潼关，大部分会沦为流贼。
不过，既然道不同，也就没必要强留，强留，以后只会反噬。
崇祯十五年六月中旬，孙世瑞一面将那封写满人名的《潼关平乱叙功录》连夜送往京师，一面马不停蹄收编整顿贺家军。
他以督师名义，将哨总以上的军官全部关押，处死其中贺人龙义子心腹共五十二人，罪名为勾结流贼，行刺督师，蓄意谋反。
贺家军中的外省客兵两千人，被编入中军营，归孙世瑞直接统领。
剩余四千人皆为秦兵，这部分兵马如果处置不好，很容易留下后患。
孙世瑞听从父亲建议，将四千人拆分为四部。
一千兵马划归榆林兵，一千兵马划分给高杰部，一千兵马划入标兵营，剩余的一千人用来充实潼关卫所。
自此，世间再无贺家军。
有的只是孙督师麾下的大明军队。
孙世瑞只用两天时间便做完上述这些，接着又开始清理城中死尸。
鼠疫来得快，走得也快，怀远门之战结束的第二天，潼关城内便再没有人感染疙瘩病。
拜几个讨饭乞丐的莲花落所赐，孙世瑞现在是真武大帝的外甥。
是天上一个什么星宿下凡，所以他不仅能在疙瘩病中幸免，他的手下也都安然无恙。
此事，更坐实了孙大帝名号，大帝绝不是浪得虚名。
不过，潼关百姓就没有真武大帝外甥这么幸运了。
半个月的大雨，半个月的鼠疫，再加一天半的兵灾，一连串灾祸下来，老百姓伤亡惨重。
被水淹死，被疙瘩病害死，被乱兵杀死的人，不计其数。
虽然远没有史书中十室九空那样夸张，不过据孙世瑞粗略估计，此次灾害，潼关百姓损失过四千人。
由于前几日战乱，不能运死人出城，现在潼关各处城门甬道里都停满了棺材和尸体。
一些穷苦之家买不起棺材的，只得用草席把尸体一捆，运到城门前，几日暴晒下来，污水顺着草席流淌一地····
至于那些无人认领的尸体，下场更惨，它们被随意丢弃在大街上，暴晒之下散阵阵恶臭味，连吞噬人肉的狗都离得老远。
活着的百姓已经断水断粮数日，潼关，到了崩溃的边缘。
如果要问地狱是什么样子，地狱应该就是崇祯十五年六月中旬的潼关。
孙世瑞很清楚，如果再不采取行动，他最后得到的将是一座空城。
这时，孙千户才理解父亲的良苦用心，如果此时再去报复潼关十七家，再兴杀戮。势必会加剧潼关混乱，搞不好会酿成大规模民变。
尽管困难重重，尽管很不情愿，清理尸体，恢复城市秩序，必须立即执行。
标兵营、中军营、榆林营、高杰所部，加上潼关卫所、本地缙绅，六部人马，分别负责潼关六门尸体清理火化掩埋。
孙世瑞从榆林营抽调三百长枪兵，从中军营抽调三百刀盾兵，组成一支巡逻兵，日夜在城中巡逻，遇有贼人，可格杀勿论。
这样做，是为了防止有人浑水摸鱼，防止再出现乱兵打劫的事情。
六月十六日，上万军民一起行动，花费两天时间，终于把城内外数千具尸体全部火化掩埋。
清理完尸体，接着又开始清理积水，这个苦差事由标兵营和中军营负责，孙世瑞亲自指挥，花费一天时间，基本将城内各处积水清空。
六月十九日，潼关清理终于告一段落。孙世瑞命令士兵回到各自大营，各自驻守，不在话下。
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忙忙碌碌又是数日。