小智三人迎着烈阳在无尽的峡谷中穿梭，到处都是黄褐色般的岩石，他们现在到达的位置名叫大傻谷，它以大溪谷的特征而被世人闻名，这里常年出产矿石，是考古化石的最好地方。
小智三人走在峡谷边的道路上，看到对面成群结队的人群朝着一个方向前进着，他们都是有备而来，身上背着大大的旅行包和锄头，看样子都是要在这里寻找什么东西一样。
一旁的三人正在观望，旁边走来了令小智又爱又恨的人-小茂，他跟那些人都身穿着一副考古的装扮，他和那些人的目的都是一样。
小智看到小茂，对小茂出现在这里，他并不感到意外。他知道这里将会引古代宝可梦们的骚乱，对人类造成报复，他决定不要去掺和进去。
小茂告诉小智三人，在这个地方现了已经灭绝的古代宝可梦的化石，引起了众多训练家们的关注，便引了寻找化石的热潮。
当然，他的每次出现也一如既往带上他的啦啦队女朋友们，他并没有详细和小智多聊，他也想要去探究化石的奥秘，多寻些化石，他一如既然的臭屁般的离开，不把小智放在眼里，跑进矿区去。
三人看到众人都去寻找化石，一旁的小刚觉得这样做有些不妥，这样可能吵醒那些变成化石后沉睡在地底中的古代宝可梦，小霞也想去凑热闹，小智并未多说，他也想看看那些古代的宝可梦
三人谈话间，那只胖丁总一直在背后尾随着他们，小智也当然知道，他故意装作不熟知。这也是旅行的调味剂之一。
胖丁见三人都在，准备给他们高歌一曲，结果当它准备登场表演时，三人早已不见踪影，胖丁顿时又嘟囔着嘴巴，气呼呼的样子可爱至极。
矿山区域，小智三人走入其中，那些早先进去的人们都再用着锄头到处挖着身下的矿石，小茂当然也不例外，他刚刚挖到一块化石，正朝着身边的众人高傲的炫耀着
一个考究的老头，他像是一个学者，拿着放大镜从小茂手中抢过那块化石进行辨认，经过仔细对比，现这只是一块宝可梦的粪便的化石，听到老头这么说，小茂脸都绿了
周围的人都纷纷笑出声，让小茂感到无地自容了，小智当然也不会放过嘲笑他的机会，笑的手舞足蹈，不可开支。
这片矿区十分的大，区域划分的十分开阔鲜明，远远望去沟壑交错，绵延曲折。三人看到这么多人在这里搜寻都没有找到化石，小刚觉得有可能传闻有误。
在思索间他们久违的现了喵喵的身影，甚至小智都感到诧异，火箭队出现了。
小智回忆了一下，难道真的要按照原着的轨迹生了？
火箭队三人组在矿山下石洞里绑好了炸弹，喵喵和他们出现在小智面前，武藏、小次郎两人告诉三人，他们要将这座山炸成碎片。
小智质疑他们，当初信誓旦旦说要改过自新，现在怎么出尔反尔。武藏笑着说：“小鬼头，你实在太天真了，坏蛋的话怎么能信呢”一旁的小次郎和喵喵也笑着点头
武藏和小次郎上次将那些精灵球交给了坂木老大后，受到了坂木的表扬。他给火箭队两人加薪，又奖励他们的宝可梦培育资源，可以让它们进化
武藏和小次郎的阿伯蛇、瓦斯弹经过这次遭遇因祸得福，双双进化成了阿伯蛇、和双弹瓦斯。为了表示对老大的感激，他们要继续去抓那只奇怪的皮卡丘献给老大
于是他们仔细调查，现小智三人经过大傻谷，便急匆匆的跟上来了，他们听说这里的古代化石非常值钱，便准备寻找化石将它们送给老大，想到用爆破的方式快搜寻，没想到在这里被小智三人碰上了。
小智三人知道了他们的阴谋，小智让小霞、小刚赶紧告诉大家，让他们赶快撤离，他来阻止火箭队点燃炸药，三人便分工合作去了。
喵喵看小智冲过来，赶紧用打火机点燃炸药，炸药已经点燃，小智赶紧派出卡咪龟去将炸弹上的导火线熄灭，卡咪龟出来后收到小智命令
对着导火线使用水枪攻击，但是炸药引燃的度实在太快了，水枪无法跟上导火线引燃的度，卡咪龟和小智等人便在后面疯狂追赶
武藏、小次郎不让小智得逞，赶忙派出了刚进化的阿伯怪和双弹瓦斯。
小智看到他们捣乱，派出了火恐龙阻挡，自己则和卡咪龟冲向导向线。火恐龙凭着强大的实力使用火焰喷射和火焰旋涡拦住了火箭队三人组
另一边的小智和卡咪龟也在最后紧要关头将导火线熄灭了，小智和卡咪龟安心的吐气，可算成功了
火箭队三人在另一边叹气，唉！又失败了。
小智以为以为危机解除，结果突然地面传来骚动，众多古代宝可梦破土而出，以化石翼龙为的宝可梦开始对人们开始攻击
原来沉睡休眠的它们，被这些外来者打扰，十分生气，要给人类一个教训
下方那些古代宝可梦，镰刀盔、菊石兽，铁甲盔、多刺菊石兽，还有些其他的宝可梦冲向人群对他们动攻击
化石翼龙则盯上了山脊边上的小智，它扇动双翼朝小智抓去，小智没有办法只能扔出鬼爷的精灵球
鬼斯出场，小智赶紧拜托它出手，原来毫无兴趣的它半眯着眼望着化石翼龙，变得认真起来
它朝向化石翼龙，模样一变。变成了一只强大的耿鬼，它使用了影子球朝着化石翼龙丢去
化石翼龙往旁边夺去，一击破坏死光对着耿鬼身体贯穿，耿鬼得身体变得透明，诡异般出现在化石翼龙的身后，对着它使用黑夜诅咒
化石翼龙的身体开始出现抖动，身体被黑夜诅咒影响，它陷入狂，对着鬼斯冲去，朝它使用龙神俯冲
耿鬼并不惧怕，对着它使用催眠术，对耿鬼的催眠术造成影响，化石翼龙的度变得缓慢下来，无法再次攻击
耿鬼再次出手，它飞向化石翼龙的背后，对着化石翼龙就是狠狠一击。
化石翼龙恼怒，对着四周疯狂使用破坏死光，要让这里的山体全部崩塌，要所有人都陪葬
小智见化石翼龙渐入疯狂，失去理智，让鬼爷赶紧阻止。耿鬼看这只化石翼龙冥顽不灵，也生气了
一颗硕大的影子球对着化石翼龙砸去，将化石翼龙砸昏过去。
小智看到化石翼龙昏倒，扔出了精灵球将它收服，精灵球传送到大木博士那
下方的古代宝可梦见群龙无，赶紧四散逃离，纷纷钻回地面潜入地底睡眠
耿鬼见已结束，变回了鬼斯钻回了精灵球，小智捡起精灵球，放入背包中
他也将卡咪龟和看着耿鬼和化石翼龙对战入迷的火恐龙收回
警方接到报警，也赶了过来，他们一直在疏散人群，现化石翼龙已被解决都送了口。
在骚乱中，小智现了一颗宝可梦蛋，眼疾手快的将它塞进了背包里。
三人和君莎小姐交流后，便告辞了
在路上，小智三人继续前行，小智趁无人注意将宝可梦蛋给小霞两人看，两人看到后变得吃惊，好奇里面会是哪只宝可梦，三人打算将它孵化
冒险还在继续，小智也在不断成长