夜幕高挂，星光璀璨。宁静的森林中，那只一路追着小智三人旅行的胖丁迈着它的小短脚，走在森林中，手上那短小、结实的小小话筒是它歌唱的最好宝贝，它现在的心情非常愉悦，对着话筒唱着那它最喜欢的歌曲，边走边唱。
优美的歌声让身后的树上的绿毛虫、波波从树上掉了下来，昏睡起来。胖丁看到它们睡觉，肥嘟嘟的脸上又气鼓鼓起来。
它的话筒还能当做记号笔，它用笔在它们脸上画着涂鸦，进行着恶作剧。正当它大功告成时，它的额头被一个从天而降的茶壶给砸中，额头顿时起了一个大包。
它不知道这是哪里来的东西，朝四周望了望，突然听到天空中出的轰鸣声，抬头望向天空，现天空中驶过的奇怪飞行物体，这个不明飞行物出奇异的光线划过夜空，不一会儿像是不受控制那样，跌落在前方密林中的一块区域
掉落在密林中的不明飞行物出强光，将四周所有区域全部照亮，十分吸引人们的眼球。很快，蓝光消失，它的庐山真面目现世，胖丁也撒开脚印朝着那片区域赶去。
它看到这是一个圆球体的奇怪飞行器，像是宇宙飞船一样，而现在这架飞船已经被毁坏了，它的身体都或多或少受到了攻击，无法继续飞行了
胖丁望着这奇怪的飞行器，看着这残破的快变成一堆废铁的不明东西，它还没有摸清头脑，只见舱门打开，众多皮皮从中走出，它们出皮皮的叫声，冲向了胖丁，后面的故事便不为人知了。
另一边的小智三人赶到常磐市附近的一个小城镇，三人正坐在饮品店喝着汽水，吃着甜点和饭后水果呢，这家店是这片区域附近最受欢迎的店铺。小智三人排了很久的队才能吃上这些美味呢，不过他们的等待也没有错付，在这炎炎夏至吃到这些冰凉凉、又解暑的饮品真的是太幸福了。
三人难得有这么惬意的时光，正当他们吃着冰淇淋时，一只可爱的皮皮出现在三人面前，三人看着脚下的皮皮，不知道这只皮皮是怎么出现在这的，皮皮这种生物不喜欢主动出现在人类城镇中，它们一般都隐居在山林中。
看到不合时宜出现在这的皮皮，三人都感到不可思议。皮皮对着三人微笑，小霞对它爱如珍宝，想要将它收服，正准备掏出精灵球，皮皮便转身逃跑
这只皮皮的任务就是吸引小智三人的注意，见小智三人上钩，它便将小智三人引走，由它的同伴们将小智三人的随身物品全部偷走，它们已经屡试不爽了，用这个方法，已经有很多人上当受骗了。
小霞三人朝着皮皮追去，他们的背包都被皮皮的同伴顺走，一路追赶的小智等人并没有追上皮皮，空手而归的三人回到原来的餐桌旁，现自己的行李和背包全都不翼而飞了，三人怎么找都没有找到
没有办法，他们只能去求助当地的君莎小姐，当他们来到警察厅门口，现门口水泄不通，整个大厅人满为患，大厅的路口被人们团团围住，这些是跟小智三人一样的受害者，他们的东西也给小智那样不翼而飞了。
看到这么多人丢失东西，君莎小姐脸上露出为难的神色。这么大规模集体丢东西事件还是第一次出现，要是解决不好，可能对警局的名声造成不好影响。
小智三人看到这些人都是来跟他们一样来报案的，也十分震惊，这到底是怎么回事，大家都丢失东西，但这些东西都是不值钱的东西，为什么要要顺走呢，他们十分搞不懂
他们正一筹莫展时，一个穿着研究员服饰，戴着窄小眼镜的男人出现在众人面前，他是专门研究外星人的研究员平田。
他告诉众人这是外星人干的好事，众人都觉得他可能精神·出现问题，都没有相信。平田拿出拍摄的照片给众人展示，正好当场也有目击者曾经目睹过外星人飞船出现，这么多证明的存在，让众人也不得不怀疑真的有外星人。
为了找出真相，君莎小姐拜托小智三人帮助平田寻找外星人的踪迹，平田带着小智三人四处寻找着外星人的踪迹，平田手中拿着奇怪的探索器，在四周不停地探寻着。
很快的探索器出了讯息，皮皮出现在了众人面前，又一只胖丁也出现了。探索器在它们身上不停的闪烁亮光，平田还以为它们是外星人，原来是机器出故障。
皮皮和胖丁让场面变得奇妙起来，皮皮在前面逃跑，后面的胖丁在后面追赶，小智三人不明白为啥会这样，也跟在胖丁后面一探究竟。
它们追着皮皮来到巷子里的一个死胡同，前面没有路了，皮皮也消失了。一边的胖丁指向前方下面的井盖，示意众人从下水道进入。
几人抓进下水道后，来到一个奇怪的山谷，他们面前停了一架火箭，平田现这艘火箭竟然是皮皮们建造的，感到不可思议，这些皮皮们竟然想飞到外太空
小智三人他们也吃惊的望着眼前的一切，要不是亲眼所见，他们都不敢相信这是真的。面前的皮皮们都在紧锣密鼓的做着最后准备，火箭马上就要起飞了，它们正在检测最后的工作收尾情况。
同时它们也现了城镇大量丢失的东西都在这里，它们为了建造火箭将它们全部偷走了，胖丁的话筒也被这些皮皮们抢走，为了找回话筒，它和小智等人合作一起寻找丢失的东西
在火箭的驾驶中，他们看到了大量的皮皮，皮皮以为他们是来搞破坏的，阻止他们进入，这时胖丁站出来，和这些皮皮们的对战。
胖丁使用连环巴掌将这些皮皮扇晕，但皮皮中有位老大也不是吃醋的，它和胖丁扭打到一起，不小心启动了火箭，火箭点燃，拔地而起。
小智三人想办法从火箭上逃脱，他们借助妙蛙草的藤鞭跳过一劫，没有被送到外太空，镇上的居民也现了这艘火箭，在火箭冲刺前，内部掉落出很多物品，这些物品都是居民丢失的东西。
看到找回这些东西，居民们都十分开心。好在火箭上天并没有影响到别人，皮皮们被送上外空，平田、胖丁和小智等人则从火箭中安然离开。
胖丁出手解决了镇子出现的奇怪事件。小智三人离开这个镇子继续朝着常磐市进！