木山net生被逮捕，因「幻想御手」而昏迷的人群全部苏醒，「幻想御手」事件结束。
初net去医院看望已经苏醒的佐天泪子。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡。
在去澡堂的路上上条初次遇到了同样前来追捕茵蒂克丝的魔法师神裂火织。
上条在与神裂的交战中败北，被神裂击晕。
「幻想猛兽」战斗结束八时后，美琴与白井因违反宿舍的门禁时限被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25rì
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池。
7月26rì
女杀手史蒂芬妮哥杰斯巴莱斯否定同行砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月27rì
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝大脑中的秘密。
7月28rì
午夜（oo：oo——）
上条将茵蒂克丝口中的魔法符文破坏，「自动书记」启动，开始cao纵茵蒂克丝用魔法攻击上条。
茵蒂克丝释放的魔法「龙王的叹息」将漂浮在宇宙的人造卫星「织女一号」摧毁，搭载在卫星内的级电脑「树状图的设计者」同时被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条终于摧毁了控制茵蒂克丝的「项圈」，不过他却从此失去了过去的所有记忆。
下午时分
上条在医院内与医生「冥土追魂」谈论自己的事情。
七月、第四个星期五。
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮哥杰斯巴莱斯善后。
8月1rì
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，事件开始。
因为同样的任务要请下，jǐng备员黄泉川爱穗与风纪委员初net饰利合作确保货车以及司机的安全。
狙击手砂皿致密接受委托，使用反战车步枪破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初net以及黄泉川的努力下，货车安然无恙。
事件结束时，美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月8rì
上条和茵蒂克丝一起去购买参考书，中途遇见自己的同学蓝耳环。
三人于是又去冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女——姬神秋沙相识。
史提尔马格努斯通过「空间移动」能力者来到了一栋没有门窗的大厦，与学院都市统括理事长亚雷斯塔克劳利会面。
在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔马格努斯找上上条，并要求他一起去解救被关押在三泽塾补习班的姬神秋沙——拥有「吸血杀手」能力的少女。
两人进入三泽塾补习班并将炼金术师奥雷欧斯伊萨德的「分身」击破，但却被真正的伊萨德用「金sè大衍术」消除部分记忆。
茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被伊萨德带走。
上条在「幻想杀手」作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士施展的魔法「葛利果圣歌」被伊萨德用「金sè大衍术」反弹。
上条和史提尔回到三泽塾补习班与伊萨德进行最终战斗，上条右手被斩断，从断腕处出现的「龙王之」致使奥雷欧斯伊萨德败北。
8月9rì
上条的右手被医生「冥土追魂」接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯伊萨德从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
8月1orì
美琴作了一个关于自己幼年时提供dna样体的梦。
某位少女在第七学区的巷内到处散银行卡，被无能力者们盯上，但被少女用「寿命中断」（实际上只是言语暗示）镇压。在一旁观战的美琴通过黑客手段了解到这名少女的资料：长上机学校三年级学生布束砥信。
为了解除心中的疑惑，美琴半夜潜入樋口制药?第七药学研究院。在研究院的电脑中现与自己有关的「量产能力者实验计划」已被冻结。
美琴放心的离开后，某位「妹妹」出现并将资料全部删除。