直到此刻，郑成功才将南线交给部将何义指挥，同时又令黄廷等将领于鼓浪屿后方进行火攻，与金门郑泰的回援舰队消灭剩下的南路清舰。自己驾着飞艇，冒着激烈的炮火北援，还命令驻泊湖头的后冲镇舰队同去救援。
做为北援船队，后冲镇水师率先杀入赤山坪海畔的清军阻击船队中，领兵陈广乘一轻便沙船出入敌阵，率先击沉一艘清舰。此时登岸满军几经冲突，已是强弩之末，现又遭受腹背杀来的郑军大舰队火力齐射，瞬间像破纸一般被撕得粉碎。
吴豪船队与后冲镇会师，一起对停靠在岸滩上密密麻麻的大小八旗船只进行火力急袭。龙熕巨炮、红衣大炮、填装霰弹的数百门铜百子炮以及岛兵三眼枪、鸟铳一齐喷射出火舌，在交叉火力狂飚式的围剿中，满洲“所有先锋船只悉沉水陷于淖，十仅一、二归而已”。
岸滩上的满洲护军、前锋兵则像被疾风驱草一般，一批批的刈倒，尸体躺满了岸滩。二等轻车都尉斋桑、耨得赫、前锋校鄂勒布、达度护、瑚星阿、骑骁校五尔护、蒙额图（蒙古正蓝旗）、署护军校绥哈被打成一团团的血肉。纵横几乎整个中国的满洲精锐在近代化火力的惨杀中彻底崩溃。
幸存者纷纷下海逃命，但身披沉重的骑甲纷纷陷于泥淖，又被郑兵们当活靶一般，无情的玩乐式箭射、枪打，或用长钩钩住纵情屠宰。据郑方事后清点，躺在滩头的旗兵尸达16oo余具，这还仅是歼灭的一小部份，因为“蹈海死者十七八”。
这些满兵遗尸后被捞起集中合葬为一大冢，人称“赤山坪大冢”。由于满洲贵族将校尸太多，所以民间流传有“顺治亲征厦门”的传闻。另有3oo多满兵被俘，这些双手沾满了汉民妇孺鲜血的满洲小奴隶主们终于尝到被汉人报复的滋味，全被活活剁下手掌、割下耳朵，然后放生。
福州的当地士人们目睹到被弄残回营的满兵惨状，在私人着作《榕城纪闻》中记下了满兵“大败，阵亡之外俱截手足归，虾营去大半（汉族称满洲护军为虾）”的实况。
滩头旗兵全军覆没，“索洪、赖塔皆弃军逃窜，北军奔歼，焚溺死者以万计，水为不流”，以耻辱的完败告终。李率泰“落水逃免”，而达素的座舰被近滩珊瑚挂坏“半皆沉覆”，被施琅这个忠心的奴才以小舟救出从偏路逃走。
南线战斗也接近尾声，满军残余舰船久在波涛之上，生于关外之地的满兵无不头晕目眩，许多人呕吐不止，无力再战。面对郑氏舰群凌厉的“横攻焚杀”，早无还手之力，一艘艘舰船在“炮声如雷，隐隐不绝，烟火迷江，咫尺不辨”的战场上起火爆炸、下沉，仅被跳帮夺取的兵船就达十三艘。
此时郑成功堂兄郑泰又率领五十艘“鸟船”从东面的浯屿赶来。鸟船体型庞大，火力强盛，堪称那个时代的“巡洋舰”，这支生力军久等老冤家广东水师无果，这才迟迟加入了这场收割满兵性命的血腥游戏。
满军残余舰只陷入重围，正红旗二等轻车都尉武达禅、三等侍卫额赫马瑚（正白旗）、一等护卫雅图、二等侍卫拜哈拉、骑都尉布锜、二等护卫托克退不是被烧死射死杀死，就是坠海而亡。
郎赛的正红旗汉军船队也被痛歼，部将章红眼、石山虎等人的船只被焚毁擒获。后阵的黄梧，见前队被歼几尽，只好停船观望，未料郑舰趁胜直冲过来，以“竹罂洋炮”横击，只装备八桨船的黄梧船队又是一片船翻人亡，“梧兵尽覆”。
海面上到处是船只的碎片与清兵浮尸在翻滚的红浪中上下起伏，到处飘浮着蝼蚁般的求救人群，被郑军严酷无情的争相杀戮，“浮尸蔽海”。
三艘满洲前锋舰被打散后在漫天烟焰中迷失方向，只顾逃命，慌乱间于九龙江口的圭屿撞滩搁浅。残剩的四百多清兵（其中满洲兵三百余人，剩下的是汉人水手船工）还以为逃回到大6，没成想是座方圆仅两平方公里多的孤岛，被紧追不放的郑舰团团围住。
为避免无谓伤亡，国姓爷派人持令箭上岸抚慰，诱使满兵放下武器，第二天又将他们全部绑成棕子，扑通扑通扔到海里喂了鱼。那个通敌的陈鹏也被郑成功凌迟处决。
轰轰烈烈的厦门海6大战就此告一段落。满洲精英部队自努尔哈赤起兵以来第一次遭到建制性歼灭。
战斗结束之后很久，被歼旗兵仍“尸浮海岸万余”，而大获全胜的郑军“俘获军实，分赉诸将士，举之数月不尽”，郑成功借此使他的集团走出了南京一役的阴影，洗刷前耻，也使清人未能重演当年崖山一战。
值得一提的是，此役丧命的满洲贵族为数众多，身世显赫者比比皆是。如前面提到的镶黄旗参领兼一等子爵的莫洛浑，他祖父包朗阿是努尔哈赤曾祖父觉昌安的亲哥哥。包朗阿随同努尔哈赤起兵，被明军击毙。
其子顾纳岱官至副都统又在南昌被炮杀。而莫洛浑作为顾纳岱的独生子，被杀于厦门，香火遂绝。康熙帝后来感叹包朗阿一支断苗，对莫洛浑特予规格的两次祭奠，追升伯爵。但
死于厦门的爱新觉罗家族的成员绝不止他一个，阿哈丹、哈尔弼等人也都是努尔哈赤一系的近亲血脉。难怪郑氏一方会有顺治皇帝于厦门海战被炮杀的传言。
达素回到福州，惊魂未定，向京城老老实实的交待了惨败经过。正志得意满的满廷如被五雷轰顶------在汉人面前，满清这一次简直是输掉了裤衩！恼羞成怒的顺治像是输红眼的赌徒，不计后果的改命贝子洛讬为安南将军，与尚书车克纳带领京师剩下的最后一点残部紧急赶赴前线。
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