百花仙子在武家集住了下来，开始教授叶天行和武妙涵医药学。为了便于治疗叶清源和教导叶天行，她搬到叶家居住，上官百合和武妙涵也随她搬了过来，叶家的院子大，客房也多，倒是不愁住的地方。
研修医药学，先从识药开始，而后识体，最后是医术和炼丹。为此，明光将后花园开辟成一块五亩大小的药田，虽说药田不大，但一些常见药草基本都种齐全，以便叶天行二人辨识药草。百花仙子还经常前往南荒古林，采集些珍稀高阶药草来，来加强二人的识药能力。
至于识体，百花仙子身为得道之人，内在修为自是不凡，她从最初的五行经络教起，叶天行将百花仙子所教与先前所学的《五行总诀》两相印证，因此他学起来，如鱼得水，自然事半功倍，获益匪浅，从而极大地加深了他对自然万物衍生变化的感悟能力，为进一步修习《五灵飞天诀》，打开了方便之门。
项链内所藏的《五灵飞天诀》，不知为何人所创。此诀蕴含天地衍生至理，共分《五灵衍生》和《筑基诀要》两部分。它强调天地万物皆为五行之气所化，修仙实际上就是人与天争，而人的力量非常渺小，只有将天地灵气化为五灵之气，才能将天地之力吸纳入体，为人所用，从而摆脱生命法则的桎梏。可若想将天地灵气炼化为可用的五灵之气，要就是体悟五灵衍生，在人的丹田内拓出五灵灵气旋涡，积累五灵之气，称之为练气，五灵灵气旋涡盈满液化即为筑基成功，从而跨入先天境。此后即可通过吸收炼化天地灵气温养自身，延缓其衰竭，最终证得五灵大道而飞升，成仙成圣。
具体的道阶划分为：练气，也称准备期；筑基、金丹、元婴、出窍、分神、合体、洞虚、大乘、渡劫，也称人界修仙九大阶；天仙、大罗金仙、位仙、仙圣，也称仙界修仙四大阶。魔修也相对应划分为凝元、魔丹、魔婴、化形、离识、合体、洞虚、大乘、渡劫、天魔、罗天真魔丶魔罗王和魔尊。
《五灵飞天诀》对五灵筑基极为看重，认为它是修者在人界修行的至为关键的一步，是凡人踏上仙途的基石，为此特意在《五灵衍生》部分给出了一种《五灵吐纳法》，并辅以内视术、敛气术等小神通，以便在练气阶段，可通过五灵吐纳之法吸收少量的天地灵气，为筑基打下基础，而内视术则可以帮助修行者观察体内的灵力循环，更好地体会天地灵气转化为五灵之气的衍生变化。
然而，练气毕竟属于为五灵筑基打基础的阶段，吐纳一个周天，只能吸收炼化少量的天地灵气，进度较慢，但《五灵飞天诀》讲求厚积薄，前期缓慢而后劲十足。
《五灵吐纳法》强调，人之呼吸不止，则吐纳不止，师法自然。无定法，无程式，因人而异。须将练气吐纳融入日常生活，坐卧行走，无不为之。也就是要求呼吸吐纳成为修者的一种本能行为，就像人在睡梦中也能呼吸一样。同时，着重强调体悟“静”之境，“静”为学问之始，正所谓宁静以致远，心静则气归，无静则万念丛生，功无所行。
一年后，叶天行已由初时的夜静练功之“静中取静”，逐渐达到了于日常生活中呼吸吐纳之“闹中取静”的境界，练功达到了不着相于言、听、视、行、住、坐、卧等日常生活行为。
《五灵飞天诀》本质上是属于筑道基的大道法诀，所吸收炼化的天地灵气是一种源自宇宙的奇异力量，炼化为五灵之气后可藏在修炼者的经脉穴位内，成为蓄势待之无穷无尽的强大力量。为了充分挥其能力，强调气、体、心同修，为此它又特意给出了一种《五灵炼体术》，特别强调要感悟生命法则，能调动天地灵气，化自然万物为我所用，能以天地之气护身驱毒、生肌止血、延年益寿。
《五灵炼体术》将炼体阶段划分为：后天境，也称准备期；先天境、重生境、炼婴境、通臂境、法相天地、浑然一体、八荒神劲、玄体境、转灵境，也称人界炼体九重境；仙体境、日月同辉、不死不灭、仙圣体，也称仙界炼体四重境。每个境界又细分为四个层次：气与力合，意与气合，心与意合，浑圆如一。都要经历五个过程：易筋，洗髓，淬骨，换血和脱胎。
叶天行先从后天境的气与力合练起。气与力合，强调气与力的衍生，属于着相的初级炼体阶段，让人一见即可知其为刚力。
时光荏苒，岁月如梭，叶天行已十五岁，已到束之年。由于他平素练气锻体的缘故，他的身形长得魁梧，体魄强劲，乍看上去，已经看不到年少的痕迹，俨然一副少年老成的模样，犀利而不失稳重，只是微黑的脸庞上，一双眸子炯炯有神，隐隐中还有几分小叶子的影子。
这些年来，他跟随百花仙子研修药学，制药炼丹，但在别人眼中，他依然是是个普通学徒，因为他是五灵根的缘故，已经没有人相信他能修仙。而事实上，他却从未放弃过对于修仙的向往，他本就善于读书自悟，再加上身边有百花仙子这等高人点拨，竟被他很快入了门径。只能感叹万事终究不过一个“悟”字，修仙亦是如此。
但叶天行练气最终还是受到了五灵根的限制，尽管他修炼的是顶级仙法，已达到全天候不着相的练气境界，而且还在服用自己炼出的灵气丹进行药辅，但他也仅仅达到了练气五层，和武妙涵等人比起来，还是慢了很多。武妙涵已达到练气八层，武高飞和武高雄练气七层，就连灵根不太好的武高志也已达到了练气五层。
叶天行未被身边的同龄人拉开太多，得益于他那无与伦比的灵气转化能力。他是最完美品质的五灵根，就单一属性来说，就连武妙涵都无法与他相比，限制他修炼进度的主因，是他每次吐纳吸收的天地灵气都要转化为五种灵气，因此，对每一种单属性功法来说，他每次吐纳的实际效果仅仅相当于有两成收益。通过内视术，他早已弄清了这一点，并一直在研究相应的解决办法。但有失必有得，五灵根也给他带来了单灵根所没有的回报，那就是他可以同修五种属性功法，经过几年的努力修炼，他已成功打通了五行经脉中的土属性和木属性经脉。
叶天行在修炼时还遇到了一件怪事，那就是在他打通土属性经脉时，练气出奇地顺利，一个月内竟出现了三连跳，直接跃进到了练气四层，而他打通木属性经脉却费了九牛二虎之力，用了四年多的时间，练气等级也只不过提升了一层。他一直弄不明白两者差别何以如此巨大。
修炼带给叶天行的最大惊喜是项链的变化。在使用项链时，他意外现项链内的空间竟然会随着他的神识感应能力的提升而变大，目前已达到三十多丈，他这才意识到他得到的绝不是一般的仙宝！
但这件事叶天行没有告诉任何人，他觉得爷爷说的有道理，有关项链的一切都成了他的绝密。而且，考虑到大家都认为五灵根不能修仙，为了不引起别人的注意，他还用敛气术将自己的境界收敛在了练气二层。
在武家集的这些年，百花仙子全心全意教导叶天行识药、识体、学药和炼药。叶天行的性子野，但学习能力毋庸置疑，所学药术夯实牢固，深得百花仙子的喜爱，虽不能师徒相称，但两人情若师徒，抑或还有几分师徒之外的情分。百花仙子念念不忘师父的嘱托，她对叶天行，除了传授药术，自然也会关照他的生活细节。百花仙子很早就已经注意到他在练功了，也以为他只是在强身健体，或者修炼一些低阶道法。在她看来，他的修炼即使不能入道，可也不是歪门邪道，练练也无妨，所以她并未刻意询问。
百花仙子眼见着叶天行一天天的长大成人，如今他的医药术已学有所成，只是需要时间来磨砺，而且已能炼一些练气期服用的低级丹药，成丹率基本能达到了两成，往后的生活，就看他自身的造化了。该是她离开的时候了，虽然心有不舍，但她深知小鸟总是要飞出巢去，总是要经历过风雨，才能翱翔于蓝天之上。于是，她给爷孙三人留下了三颗增寿丹，便带着武妙涵返回了百花谷。
此时的武妙涵已经十六岁，原来的双丫髻已换成了飞仙髻，正是豆蔻好年华。这些年，她除了随百花仙子学习丹药，还在修习《莲花心经》，那是仙霞派嫡传的仙级水属性筑道基法诀，水系的道法对于她来说最合适不过了，有《莲花心经》的加持，她已经出落得冰清玉洁，出尘脱俗，颇有几分仙女的气息。
与叶天行分别之时，武妙涵总觉得要和他说些什么的，而她却一改平常，竟不知该说些什么，她的目光一直没有离开他，她已经很久没有扯过他那双长耳朵了，她已经舍不得了。此去百花谷，不知何时才能再相见，一想到这，她就心下难过，泪水便蒙住了双眼，然而叶天行似乎全没注意到这些，在他的心里，他只是希望她好，永远的好。