宋江衣锦还乡，扫墓后又回到东京与众位弟兄团聚。他们各自收拾行李，准备前往各自的任所。这时，神行太保戴宗前来探望宋江，二人在闲聊中，戴宗突然起身说道：“小弟已蒙受圣恩，被任命为兖州都统制。但现在我甘愿交还官诰，希望前往泰安州的岳庙里，静心修行，了此一生。”宋江听后问道：“贤弟为何有这样的念头？”戴宗答道：“我夜里梦见崔府君召唤，因此产生了这个善念。”宋江说：“贤弟既然身为神行太保，将来必定会成为岳庙的灵聪。”二人告别后，戴宗交还了官诰，前往泰安州岳庙里修行，每日虔诚供奉圣帝香火。数月后的一天晚上，戴宗请众道伴告别，大笑而终。后来在岳庙里多次显灵，州民和庙祝便在庙里塑了戴宗的神像，而且神像里的胎骨是他的真身。
阮小七也接受了官诰，向宋江辞行后前往盖天军担任都统制。然而不到数月，就因大将王禀、赵谭怀挟私怨，在童枢密面前诬陷阮小七曾穿着方腊的龙袍戏耍，有造反之心。童贯将此事告知蔡京，上奏天子后下旨追夺阮小七的官诰，将其贬为庶民。阮小七对此并不在意，反而欢喜地带着老母回到梁山泊石碣村，重操旧业打鱼为生，奉养老母直到终年。他最后活到六十岁去世。
小旋风柴进在京师听闻戴宗和阮小七的事情后心想：“我也曾在方腊处做驸马，如果将来被奸臣们知道后在天子面前诬陷我，岂不是要受辱？不如早点自省退出官场免受玷污。”于是他以风疾病患为由推脱不能为官并交还官诰请求回乡务农。他向众官辞别后再回沧州横海郡为民过着自在的生活，然而有一天他突然无疾而终。
李应被授予中山府都统制后赴任半年但也听闻了柴进的事情后自思也推称风瘫不能为官，他向省院申请交还官诰后回到故乡独龙冈村中生活，后来他与杜兴一起成为富豪都得到了善终。
关胜在北京大名府总管兵马深得军心，然而有一天他操练军马回来时因大醉失足落马得病身亡。呼延灼担任御营指挥使每日随驾操练后来领大军与大金兀术四太子交战在淮西阵亡，只有朱仝在保定府管军有功后来随刘光世打败大金一直做到太平军节度使的高位。
花荣带着妻子、妹妹前往应天府上任，吴用则单身只带着随行的安童前往武胜军赴任，李逵也是独自带着两个仆从前往润州上任。之所以只说这三个人的上任情况，是因为其他正将的结局已经交代清楚，而这三位正将宋江、卢俊义、吴用、花荣、李逵还有后续的故事，所以暂时未说尽他们的结局。
宋江和卢俊义在京城分配了诸将的赏赐，并让他们各自去上任。那些为国家牺牲的正将，他们的家眷会得到朝廷的恩赏，并可以自由选择是否回故乡。现仍在朝的偏将们，除了宋清回乡务农、杜兴跟随李应回乡之外，其他的也都有了各自的去处，如黄信仍任青州、孙立带同兄弟孙新、顾大嫂并妻小回登州任用等。旧在京师的偏将们，如安道全、皇甫端、金大坚、萧让、乐和等也都在各处找到了自己的位置。
宋江和卢俊义分别后，各自去上任。卢俊义没有家眷，只带了几个随行的人前往庐州。宋江则谢恩辞别了朝廷的官员，带着几个家人和仆从前往楚州上任。从此他们各自分散，不再一起行动。
然而，这个时候的宋朝，由于蔡京、童贯、高俅、杨戬四个奸臣的专权，使得朝廷混乱，忠良被害，百姓受苦。他们看到宋江等人受到朝廷的重赏，心中不满，于是密谋陷害他们。杨戬提出先对付卢俊义，以断绝宋江的一只臂膀，因为卢俊义十分英勇。他们计划让庐州的军汉来省院告状，诬陷卢俊义招军买马、积草屯粮意图造反，然后奏报天子请旨定夺。等卢俊义被赚到京城后，在御赐的食物中下毒，使他腰肾受损不能行动。同时再派天使送毒酒给宋江喝，让他在半个月内必死无疑。这个计策被高俅称赞为“大妙”。这四个奸臣就这样定下了毒计准备陷害忠良。
上皇说：“朕想宋江、卢俊义二人，破大辽，收方腊，掌握十万兵权，尚且没有生出不轨之心，现在已经弃邪归正，怎么会背叛朝廷呢？朕不曾亏待他们，他们怎么敢叛逆？这其中一定有诈，未必是真的，难以轻易相信。”这时，高俅和杨戬在旁边奏道：“陛下虽然仁爱忠厚，但人心难测，卢俊义可能是嫌弃官职卑微，不满足他的野心，所以又起了反意，不幸被人觉了。”
上皇说：“可以把他叫来，朕亲自问他，让他自己招供。”蔡京、童贯又奏道：“卢俊义是一头猛兽，难以保证他的忠诚。如果惊动了他，恐怕他会逃跑，以后再也难以捉拿。只可以设法把他赚到京师来，陛下亲自赐他御膳御酒，用圣言安抚他，窥探他的虚实动静。如果没有反意，就不必追究，也显示了陛下对功臣的念旧之情。”
上皇准了奏，随即降下圣旨，派一个使臣前往庐州宣召卢俊义还朝，说有重要的任务委派给他。天使奉命来到庐州，大小官员出城迎接，直到州衙，宣读了圣旨。卢俊义听了圣旨宣召他回朝，便同使臣一起离开了庐州，上了马直奔京城。一路上无话，很快就到了东京皇城司前歇脚。
第二天早上，卢俊义到东华门外等候早朝。这时有太师蔡京、枢密院童贯、太尉高俅、杨戬等人引着卢俊义到偏殿朝见上皇。拜舞已毕，天子说：“寡人想见你一面。”又问：“庐州可容身否？”卢俊义再拜奏道：“托赖圣上洪福齐天，那里军民也都安泰。”上皇又问了些闲话。
到了中午时分，尚膳厨官奏道：“进呈御膳在此，未敢擅自决定，请求陛下旨意。”这时高俅、杨戬已经把水银暗地放在御膳里面，供呈在御案上。天子当面将御膳赐给卢俊义食用。上皇安抚道：“你去庐州，务必要尽心安养军士，不要生出别的念头。”卢俊义叩头谢恩后出朝回到庐州，全然不知四个贼臣已经设计相害于他。
高俅、杨戬相互对望一眼说：“此后大事定矣。”他们阴谋得逞的样子溢于言表。果然卢俊义在回庐州的途中就感到腰肾疼痛难忍无法骑马只能坐船返回。当他行至泗州淮河时因为水银坠下腰胯并渗入骨髓里册立不牢加上酒后失脚最终落入淮河深处而死。可怜这位河北玉麒麟就这样屈死水中成为了冤鬼！
跟随的人打捞起他的尸用棺椁殡葬在泗州高原深处。本州官员动文书申报省院此事不再多提。而蔡京、童贯、高俅、杨戬四个贼臣则继续算计着如何将此事掩盖过去。他们将泗州的申报文书呈报给天子并奏道：“卢俊义行至淮河时不幸坠水身亡。我等省院官员不敢不奏闻陛下。现在卢俊义已死只恐怕宋江心中生疑别生出事端来。请求陛下明察可派天使带着御酒前往楚州赏赐宋江以安其心。”
上皇沉吟了许久想说不准但又怕宋江等人真的生出事端来；想说准理但又怕害了宋江。上皇无奈最终被这四个奸臣的花言巧语所迷惑答应了他们的请求。于是将御酒二樽差一位天使前往楚州限令即刻启程。这位使臣自然也是高俅、杨戬二人的心腹之辈。天数注定宋江合当命尽不料被这些奸臣在御酒中下了慢药然后让天使带着径直前往楚州而来。
宋江到楚州上任后，深受军民爱戴，他常常出城游玩，特别喜欢到城南的蓼儿洼，觉得那里风水很好，甚至想死后葬在那里。他在任上度过了近半年的时间，直到宣和六年初夏，朝廷突然派来使者，送来御酒。
宋江率众出城迎接，然后设宴款待使者。使者请宋江先饮御酒，宋江饮后觉得腹痛，怀疑酒中被下了药。他急忙派人去打听那位使者的行踪，得知使者在途中并未停留，一直在赶路，并未有时间下药，宋江更加疑惑。然而，他已经开始感到身体不适，明白自己中了奸计。
宋江深知自己死不足惜，但他担心自己的忠名被毁，尤其担心李逵会因此再次啸聚山林，坏了他们一世忠义之名。于是，他决定召李逵前来，告知他自己的情况，并请他在自己死后维护他们的名声。
李逵得知消息后，立刻从润州赶到楚州。他听宋江说了事情经过后，大叫道：“哥哥，反了罢！”但宋江却认为他们已经没有了军马，兄弟们也各自分散，无法再反了。李逵则提议他们招军买马，重新杀上梁山泊。然而，宋江已经有了自己的决定。
其实，宋江在召李逵来之前，已经在接风酒中下了慢药。他知道自己死后，李逵必定会为他报仇，再次反叛朝廷，这是他绝对不能接受的。因此，他决定用自己的死来换取李逵的忠诚和兄弟们的安宁。
当夜，李逵饮酒后，也开始感到身体不适。
次日，宋江为李逵备船相送。李逵问道：“哥哥，我们何时起义兵？我那里也起兵来接应你。”宋江却道：“兄弟，你休怪我。前日朝廷派天使赐我药酒，我已服下，将不久于人世。我一生只主张‘忠义’二字，不肯有半点欺心。今日朝廷赐我死，我宁可朝廷负我，我忠心不负朝廷。我怕我死后你造反，坏了我梁山泊替天行道的忠义之名。因此，我请你来，相见一面。昨日酒中，我已下了慢药，你回至润州必死无疑。你死后，可来此处楚州南门外，有个蓼儿洼，风景与梁山泊无异，你我可阴魂相聚。我死后，尸定葬在那里，我已看定了。”言罢，宋江泪如雨下。
李逵听后，也垂泪道：“罢，罢，罢！生时我服侍哥哥，死后我也只是哥哥部下一个小鬼。”说完，他感到身体有些沉重，洒泪拜别了宋江，下船回到润州，果然药身死。
李逵临死时，嘱咐从人：“我死后，你们千万要将我的灵柩送去楚州南门外蓼儿洼，和哥哥一起埋葬。”嘱咐完后，他便断了气。从人按照他的遗愿，置备了棺椁，扶柩前往楚州。