然而皇太极像早已估计到龟缩在杏山的吴三桂一定会逃往宁远，又在松山和杏山之间的高桥设下埋伏，等待明军。
吴三桂率部逃往宁远之时，在高桥中了清兵埋伏。明军接二连三的败退，早已如惊弓之鸟。现在又遭清兵伏击，更是闻风丧胆。吴三桂奋力杀敌，拼命突围，才只身逃回宁远。
吴三桂回到宁远后，想重整旗鼓，再救锦州，无奈伤亡太大。如果要解救锦州，宁远也很危险。
此后，洪承畴只剩下残兵败将一万多人，被清军围困在松山城内。洪承畴组织五次突围，皆未成功，明朝发来的救兵又逡巡不前，洪承畴见进无门，退无路，只好困守在松山城内。到一六四二年三月，松山城内粮尽援绝，副将夏承德降清为内应，引清兵入城，洪承畴被俘。
被围困已久的锦州城内更是人困马乏，城中早已无颗粮充饥，士兵们杀百姓煮熟填腹，搞得人心惶惶怨声载道。
祖大寿之所以苦苦支撑，是在等待朝廷的援军到来。但他见到松山杏山的明军失败之后，心中再无一丝希望。又见城中百姓面无人色，倒地不起，心中的斗志便再无半分。于是，祖大寿率众投降。
吴三桂得知舅父举城投降，知他是迫于无奈。吴三桂大哭三日，此后便闷闷不乐。郭云龙和孙文焕见吴三桂如此，知他因受打击太大，便竭力地帮他管理军队，以待他恢复元气。后来又得知是因为救援洪承畴的明军逡巡不前致使洪承畴被俘，而洪承畴的被俘致使自己舅舅投降，吴三桂心中便对朝廷有了些许失望。
皇太极降伏了祖大寿，便劝祖大寿去信劝吴三桂投降。祖大寿婉言拒绝，因为他知道自己外甥的性格，不想落个人鬼不是。皇太极便亲笔执书，令张存仁去招降吴三桂，吴三桂不肯。
吴三桂虽然对朝廷有些失望，但没有投降之意。何况此时的父亲还在北京，被崇祯皇帝抓捏在手中。他知道自己投降的后果，他不想做个不忠不孝之人。
而此时的农民起义军已成气候，在李自成有力的攻击下，明朝许多城镇沦陷。崇祯皇帝内外交困惊恐已极，暗使兵部尚书陈新甲、马绍前去与皇太极谈判。但事情败露，全朝哗然。崇祯皇帝为了推卸责任，处死了陈新甲。
皇太极见议和不成，又派贝勒阿巴泰率领清兵入关，攻陷蓟州，深入畿南，转至山东，连破八十余城，杀明宗室鲁王。
宁远便成了一座真正的孤城。
一六四三年皇太极因脑溢血突然死去，皇太极儿子福临即位，改元顺治。
而此时的福临只有六岁，由两个叔父多尔衮和济尔哈朗辅政。此时清朝主要是休养生息，疏理朝政。
这恰恰也给了吴三桂一个发展的机会。
吴三桂见明朝摇摇欲坠，农民军气势汹汹，而清军又虎视眈眈，便知来日之局不可逆料。因此，趁此机会迅速休整、扩充自己的队伍。
吴三桂踌躇满志地对郭云龙和孙文焕说：“休生养息，以待来日。”