要听懂这个故事，必须先了解一下那个古老的部族。
中国上古神话里，有黄帝战蚩尤的传说，相传黄帝为了战胜蚩尤，曾派人去东海的流波山上，抓住一只叫做‘夔’的野兽。剥皮晾干后，蒙了一面大鼓，这就是夔鼓。有了鼓还得有鼓槌，一般的鼓槌当然不能用，所以黄帝又想到了住在雷泽中的雷神。雷神又叫雷兽，是一个龙身人的天神，它每拍一下自己的肚子，就会有一个响雷出现。这雷兽其实也是上古时代颇为著名的一位天神，但它被黄帝看上了，同样难逃厄运。
黄帝派人去雷泽将雷兽抓来，不由分说便将它杀死了，从它的身体里抽出一块最大的骨头，当作了鼓槌。这夔鼓雷槌敲响，出的声音竟比打雷还响，据说五百里以外的地方都能听得见。
后来，黄帝就用这夔鼓雷槌，在战场上连擂了九下，果然山谷回应，天地变色，黄帝的军威大振，蚩尤的军队魂飞魄散，战斗力一下子失去了大半，黄帝打了一个大大的胜仗。后来，黄帝得九天玄女传授兵法，终于击溃蚩尤的军队，但蚩尤有飞天腾空和在险山峻岭中行走的本领，虽然战败，但黄帝也擒他不得。最后还是用雷槌敲响夔鼓，又是连敲九下，蚩尤立时魂丧魄散，不能行走，这才被黄帝擒住。
黄帝战胜蚩尤后，在一个叫涿鹿的地方将他杀死。但却怕他的元神不死，伺机再次兴兵作乱为祸天下，因而便将他的元神禁锢于他被砍下的头颅中，交给了当时的东方天帝太皞看守。太皞就是伏羲，他接受了这一任务后，感觉责任重大，便从自己的族人中挑选了一批善战的勇士，让他们专门负责看守蚩尤的头颅。
跟随蚩尤的头颅一块儿交到伏羲族的还有另外一些东西，雷神之槌便是其中的一件。
雷神之槌，雷泽中雷神的骨头，相传伏羲的母亲华胥氏便是踩了雷神的足印，受孕后生出了伏羲。黄帝将雷神的遗骨交还给伏羲族，还可能是对伏羲的一些歉疚——为了战胜蚩尤，他竟然不问青红皂白，派人抓了雷神来，将他杀了。
后来不知道过了多少年，伏羲的后人在西南创立了巴国，鼎盛一时，后又被秦所灭，渐渐消亡在历史的长河中。但是，巴族却有一脉存留了下来，他们就是当年伏羲亲自从族人中挑选出的善战的勇士，他们世代守卫着蚩尤的头颅和雷神之槌，真的像桃花源记里的人物一般，“乃不知有汉，无论魏、晋”，默默地在历史的长河里繁衍生息。
马南的养父巴融，便是巴族领之一。他因为不忍看到族人将那批守候了数千年的圣物变卖到异邦，而毅然与族中大巫师盗取了圣物，从此隐姓埋名，流落天涯。他之所以后来遣散收养的子女，是因为觉，巴族人已经现了他的踪迹。他将盗取的蚩尤头颅和雷神之槌，以及另外一些宝物的下落，都藏在了几块玉器之中。
巴族人数十年间，从来没有停止过对那批圣物的寻找。这回，他们得到线索，派出族中杀手郁垒，前去搜寻五件玉器。但他们知道，如果想破解玉器中隐藏的密码，必须借助于马南的力量。所以，他们设局，让马南辗转数个城市，寻找自己的几位兄弟姐妹。
在上海，马南救下了妹妹楚雁，但却没有办法阻止郁垒杀死其他四位兄弟。幸而，他能搜集五件玉器，破解养父巴融留下的密码。
他没有料到，玉器中的秘密，竟然是巴融要他重回那个西北边陲小城。在那小城里，卖酒老人道明身份，他就是与巴融一道叛离部族的巴族大巫师，他帮助马南寻回失去的记忆——巴融竟然将那批宝藏的秘密藏在了马南的记忆里。
寻回的记忆让马南记起，父亲将巴族圣物埋藏在了“昆仓”圣殿中。为了寻回自己的妻子红棉和女儿晓彤，马南带领巴族人前往“昆仓”迎取圣物。
桃花山上，“昆仓”圣殿竟然是一处迷宫，巴族人倾族而出，但孰料，这一切不过是巴融用数十年时间，精心布置的圈套。巴融留在迷宫里的，根本不是什么巴族圣物，而是一个致命的陷阱。
巴族领巴图，与族中精英，随着一声爆炸，尽皆死在桃花山上。而马南，却在最后危机关头，被妹妹楚雁带着逃离。这时，隐匿多时的巴融终于现身，道出事情的原委。原来正是他出卖了自己收养的孩子，用他们的死来取信于巴族人，目的就是为了今日，能在“昆仓”迷宫中，一举歼灭巴图和巴族精英。
这其中还有一个重要的环节，那就是楚雁竟然是巴融的亲生女儿，正是她，告诉巴族人玉器中的密码和几位哥哥的下落。巴融的计划，是让马南随同巴族人一道死于“昆仓”圣殿中，这样，计划便堪称完美。但楚雁竟然在最后关头，将马南带离险地。
巴融一语道破天机，原来楚雁在很早以前，就喜欢上了自己的这位大哥。
巴融的计划非常完美，歼杀了巴族精英，他便能再无后顾之忧。但世事无常，他却没有料到，巴族杀手郁垒并没有跟随巴图进入迷宫，他在最后忽然出现，杀死了巴融。
巴融死去，巴族圣物的秘密便再没有人知晓。也许，巴族圣物从此便要深埋在远山远水之间，再没有重现天日之时。而楚雁，在父亲死后，告知马南妻女的下落后，也寂然离开，马南多方寻找，也得不到她的讯息。