清兵攻陷广州，绍武政权不欢而散之消息传到肇庆，永历朝廷为之震动。永历帝召集众臣来商量。瞿式耜认为，广东已成危地，离开广东为上策。永历帝问到哪里去？瞿式耜说到偏僻之处去，只有偏僻之处，清兵才鞭长莫及。
于是永历帝率众臣从肇庆奔向梧州。梧州不久又失陷，永历帝又率众臣从梧州奔到广西桂林。
然而，永历帝在桂林之足尚未立稳，清兵又气势汹汹追随而来，形势非常危急。永历帝束手无策，众大臣心慌意乱。瞿式耜请求永历帝在桂林停留下来，永历帝不同意。瞿式耜无法，便请求让自己留下来，为永历帝断后，永历帝同意了。
于是，瞿式耜将妻子儿女全留在桂林城内，表示誓与桂林共存亡之决心。然后，命令士兵加强修筑防御工事。但是，他们尚未准备完毕，清兵已接近桂林。清将领命令清骑兵前往城内打探消息，几十个清朝骑兵突然进入文昌门，登上城楼遥望着瞿式耜的公署，并且肆无忌惮地仰天大笑。
接到清朝骑兵突入文昌门的消息，瞿式耜心里急得浑无主见。后见援将焦琏来了，立即命令他拒敌。
瞿式耜之所以不假思索地命焦琏拒敌，是焦琏有着一段辉煌的历史。有一次，永明王被清兵所擒，焦琏率众，冲破清兵的刀山箭阵去救永明王。永明王当时身负重伤，不能行走。焦琏不由分说，背起永明王就冲，终于将永明王救出。从此，焦琏英勇善战之精神，效忠明室之大义令人赞叹不已。永明王因此而感动，并封他为参将。
焦琏受命之后，率兵力拒敌军，死守城池。
瞿式耜得此援手，亲自登上城墙与众士卒一同抗敌。
战争相持三个多月，清兵虽然持续不断地进攻，然而无法攻下城池。
恰在此时，连下大雨，桂林城墙被损坏。瞿式耜见势危急，又亲自与士卒一同守城，并立身于敌人的矢石之中，而无惧色。众将士见他视死如归，心为所感，都誓死拒敌。
焦琏带来的援兵因见久无军饷，便聚众闹事。而矍式耜的库银不足，无法发饷。瞿式耜的妻子见了，将自己的金银首饰全部捐出来，凑给丈夫发饷。众将士见之，无不激动。
清兵见矍式耜与众士卒立在城墙之上，虽面无人色，却不见畏缩恐惧之态，有如天神降临，心里反生惧意，悄然而退。
四、神州大地掀起反清复明的浪潮
一六四八年。
由潮州而惠州，进而攻陷广州，摧毁了绍武政权的清朝将领李成栋突然宣布要反清复明，并自动投到永历帝名下，由永历帝节制。
清朝将领金声桓在攻陷江西赣州之后，也突然宣布要反清复明，并投到永历帝门下。
清朝政府得知此消息后，顿时朝野震动，人心惶惶，许多明廷故官因此而蠢蠢欲动，暗中来往，以待复明之时。