朱武接着叫呼延灼引一支军在左边埋伏、林冲引一支军在右边埋伏、单廷圭和魏定国引一支军在背后埋伏，其余偏将则各自在四散的小路里埋伏。夜间贼兵来时只要看中军火起为号令四下里便各自捉人。卢俊义都一一安排妥当后各自去守备。
且说南国的王尚书和高侍郎两人都颇有些谋略。他们与庞万春等人商议后上启皇叔方垕道：“今日宋兵败退回去三十余里屯驻营寨空虚军马必然疲倦。我们何不乘势去劫他们的寨栅必然能获全胜。”方垕听了觉得有理便道：“你们众官从长计议如果觉得可行便去行事。”
高侍郎道：“我便和庞将军引兵去劫寨尚书与殿下紧守城池。”当夜二人披挂上马引领军兵前进。为了不惊动宋军他们让马摘下了銮铃军士们也都衔枚疾走。他们一直前进到宋军的寨栅前看见营门未关但却不敢擅自进入。
初时他们听得更点分明但向后更鼓便打得乱了。高侍郎觉得有异勒住马道：“不可进去。”庞万春问道：“相公为何不进兵？”高侍郎答道：“听他们营里更点不明必然有诈。”庞万春却道：“相公你误会了。今日他们兵败胆寒必然困倦因此打更不明。相公何必多疑我们只管杀进去便是。”高侍郎听了觉得也有道理当下便催军劫寨大刀阔斧地杀将进去。
然而他们进入寨门后直到中军都不见一个军将却只见柳树上缚着数只羊羊蹄上拴着鼓槌在那里打鼓因此更点不明。两人劫了个空寨心中自慌急叫：“中计了！”回身便走。但此时中军内却已火起只见山头上炮响又放起火来四下里伏兵乱起一齐杀将拢来。
两人冲开寨门奔走却正迎着呼延灼。呼延灼大喝道：“贼将快下马受降免你一死！”高侍郎心慌意乱只想脱身无心恋战被呼延灼赶进去手起双鞭齐下打得他脑袋骨碎裂而亡。庞万春则死命撞透重围侥幸逃脱性命。然而在他正逃之间不提防汤隆伏在路边被他一钩镰枪拖倒马脚活捉了过来。
此时众将已都在山路里赶杀南兵直到天明才都回到寨里来。卢先锋已先到中军坐下随即进行赏赐不在话下。
当卢先锋下令点本部将佐时，现丁得孙在山路草丛中被毒蛇咬伤，毒气已入腹，无法救治而死。为了祭奠欧鹏、史进等亡将，卢俊义下令将庞万春剖腹挖心，并将级送往张招讨军前。
第二天，卢先锋再次率领诸将进兵到歙州城下。他们现城门未关，城楼上也没有军士和旌旗。单廷圭和魏定国两人渴望夺得头功，率先引军冲入城中。然而，当他们冲进城门后，却遭遇了陷阱。原来，王尚书见折了劫寨的人马，便假装弃城而逃，实际上在城门内掘下了陷坑。单廷圭和魏定国并未提防，结果连人带马都陷入了坑中。坑两边埋伏的长枪手和弓箭手立刻上前戳杀，导致两人都丧命于坑中。
卢俊义见又折了两员大将，心中愤怒不已。他急忙命令前部军兵用土块填平陷坑，同时与南兵展开激战。在战斗中，宋兵将南兵人马杀死后填入坑中。卢俊义亲自跃马冲入城中，正好迎上了皇叔方垕。两人交战仅一个回合，卢俊义便愤然挥出平生之威，一刀将方垕剁于马下。城中的南兵见状纷纷打开西门逃跑。宋兵众将则齐心协力向前追杀南兵。
在逃跑的过程中，王尚书撞上了李云并与其展开厮杀。李云是步战高手，但王尚书却骑马挺枪向前冲来。结果李云被王尚书的马撞倒踏伤。石勇见李云遇险，急忙前来救援。然而王尚书的枪法神出鬼没，石勇无法抵挡最终被王尚书一枪刺死。此时城里又冲出了孙立、黄信、邹渊、邹润四将截住王尚书厮杀。尽管王尚书勇猛力敌四将并无惧色，但最终还是被林冲赶到并与其他四将一起将其乱戳杀死。可怜这位南国的尚书将领今日命丧黄泉。五将取下王尚书的级后飞马献给卢先锋。
卢俊义在歙州城内的行宫安顿下来后立刻出榜安民并将军马屯驻在城里。同时他派人向张招讨报捷并驰书转达给宋先锋知会进兵的事宜。另一方面宋江等兵将在睦州屯驻等候各路人马齐集一同攻打贼洞。当他们收到卢俊义的书信得知歙州已经平复并且军将已到城中屯驻后非常高兴并专候进兵同取贼巢的命令。然而他们也得知了史进、石秀、陈达、杨春、李忠、薛永、欧鹏、张青、丁得孙、单廷圭、魏定国、李云、石勇等十三位将佐阵亡的消息感到非常伤心和烦恼。军师吴用劝慰宋江道：“生死有命富贵在天，主将不必过于悲伤而损伤身体，还是请理料国家大事为重。”宋江虽然明白这个道理但仍然不由得感到伤感。他回想起当初石碣天文所载的一百零八人如今却渐渐凋零损失了许多手足兄弟。吴用继续劝慰宋江并建议他回信给卢先锋约定日期起兵攻取清溪县以继续推进征讨方腊的大业。
先不提宋江给卢俊义回信，约定日期一同进兵的事情。却说方腊在清溪的帮源洞中设立朝廷，与文武百官商议如何应对宋江的军队。这时，有从西州败逃回来的残军来报告说：“歙州已经失陷，皇叔、尚书、侍郎等人都已阵亡。现在宋江的军队分两路攻来，目标直取清溪。”方腊听后大惊，立刻召集两班大臣商议对策。
方腊说：“你们众位卿家都受了我的官爵，共同占据州郡城池，共享富贵。谁想到现在被宋江的军队席卷而来，州城都失陷了，只剩下清溪的皇宫。现在听说宋江的军队两路攻来，我们应该如何迎战？”这时，左丞相娄敏中出班奏道：“这次宋江的人马已经逼近我们的内苑，宫廷也难以保守。但是我们的兵力微弱，将领稀少。陛下如果不亲自出征，恐怕兵将们不会尽心尽力去战斗。”方腊说：“你说得对。”随即传下圣旨，命令三省六部、御史台官、枢密院、都督府的官员以及二营金吾、龙虎等大小官僚都跟随他御驾亲征，决一死战。
娄丞相又问：“应该派哪位将帅担任前部先锋？”方腊说：“让殿前金吾上将军、内外诸军都招讨皇侄方杰担任正先锋，马步亲军都太尉、骠骑上将军杜微担任副先锋，带领帮源洞大内的护驾御林军一万五千人和三十多名战将前进。遇到山就开路，遇到水就架桥，招兵买马，一路征进。”原来这方杰是方腊的亲侄儿，是歙州皇叔方垕的长孙。他听说宋兵的卢先锋杀了他的祖父，正要来报仇，所以愿意担任前部先锋。这方杰平生学习武艺，擅长使用一条方天画戟，勇猛无比。而杜微原本是歙州山中的铁匠，会打造兵器，也是方腊的心腹之人。他擅长使用六口飞刀，只是擅长步战。
方腊又另下一道圣旨，派御林护驾都教师贺从龙带领一万御林军去迎战歙州的卢俊义军马。有诗为证：八郡山川已败倾，便驰黄屋特亲征。宋江兵势无人敌，国破身亡是此行。
暂且不说方腊如何分调人马去两处迎敌。先说宋江率领大队军马启程，水6并进直奔清溪县而来。水军头领李俊等人引领水军船只从溪滩里撑驾上去。吴用与宋江并马而行商议道：“这次去攻取清溪帮源洞如果贼方腊得到消息逃窜到深山旷野中就难以捉获了。如果要生擒方腊解送到京师面见天子就必须里应外合认得他本人才能擒获。同时也要知道方腊的去向下落以防被他逃走。”宋江说：“如果要这样做的话必须用诈降之计才能里应外合。之前柴进和燕青去做细作至今还没有消息。这次派谁去好呢？必须是会诈投降的人才行。”吴用说：“依我看来只能让水军头领李俊等人将船内的粮米诈献投降让他们不疑心。方腊那厮是山僻小人见了许多粮米船只肯定会收留的。”宋江说：“军师高见极是。”便叫戴宗传令给水路的李俊等人告诉他们如此如此行事。李俊等人领了计策戴宗自回中军去了。
李俊随即命令阮小五、阮小七伪装成船夫，童威、童猛则扮作随行的水手，他们驾驶着六十只粮船，船上都插着新换的献粮旗帜，从大溪里一路驶上清溪县。当他们接近清溪县时，看到上游早有南国的战船迎面驶来，敌军纷纷放箭射击。李俊站在船头大声喊道：“不要放箭，我有话要说！我们都是来投降的人，特意将粮米献给贵国，以接济军士，希望你们能收留我们。”对面船上的头目看到李俊等人的船上并没有军器，因此就没有继续放箭，而是派人过船来询问详细情况。他们查看了船内的粮米之后，便去报告了娄丞相，禀告说李俊等人献粮投降。
娄敏中听了报告后，便叫人传唤投降的人上岸来。李俊登岸后拜见了娄丞相。娄敏中问道：“你是宋江手下的什么人？担任什么职务？这次为什么来献粮投降？”李俊回答道：“小人姓李名俊，原是浔阳江上的好汉，曾在江州劫法场救了宋江的性命。但现在宋江受了朝廷的招安，做了先锋后却忘记了我们之前的恩情，多次羞辱小人。现在宋江虽然占领了大国的州郡，但他手下的弟兄已经逐渐折损殆尽，他仍然不知进退，还威逼我们这些水军向前。我们实在受不了这种屈辱，所以特地将他的粮米船只私自献来投降贵国。”
娄丞相听了李俊的这一番话后深信不疑，便带领李俊去大内朝见方腊，详细禀告了献粮投降的事情。李俊见到方腊后再拜行礼并奏报了之前的事情。方腊对李俊的话坦然不疑并加封他为水军都总管之职；阮小五、阮小七、童威、童猛都被封为水寨副总管并负责在清溪管领水寨守船。方腊还承诺在击退宋江军马后回朝时会另有赏赐。李俊拜谢后出宫自去搬运粮米上岸进仓交收。
有诗为证：神机妙算擒方腊先遣行人假献粮；指日可待宋军平定大内清溪的花鸟也将变得凄凉。
再说宋江与吴用分调军马后派出关胜、花荣、秦明、朱仝四员正将为前队引军直进清溪县界正好迎上了南国的皇侄方杰。两军各自列好阵势后南军阵上的方杰横戟立马杜微则步行跟在他身后。杜微浑身披挂铠甲背后藏着五把飞刀手中握着一把七星宝剑。两将出阵后宋江阵上的秦明先出马他挥舞着狼牙大棍直取方杰。方杰也不搭话两将便开始交战。方杰年轻气盛精神抖擞那枝戟使得出神入化；与秦明连斗了三十多个回合依然不分胜负。方杰见秦明武艺高强也施展出自己平生的学识丝毫不给他喘息的机会。当两人斗到紧要关头时秦明也挥出了自己的全部实力让方杰无法找到突破口。然而就在这时杜微却突然从马后闪了出来他掣起飞刀朝秦明的脸上飞去。秦明急忙躲避飞刀却被方杰趁机一戟刺下马去当场身亡。可怜霹雳火秦明也落得个横死的下场！方杰一戟戳死了秦明后却不敢继续追击过对阵的宋兵。宋兵的小将们急忙用挠钩将秦明的尸钩过来。宋江得知秦明阵亡的消息后大惊失色一面命人准备棺椁将秦明盛殓起来一面再调遣军将出战。
方杰得胜后，在阵前高声叫嚣，要求宋兵再派出好汉与他交战。宋江在中军听到消息后，急忙来到阵前。他看见对阵方杰背后就是方腊的御驾，摆开了阵势。方腊虽然只是草头王，但他的装扮却十分华丽，显然是为了显示自己的威严。
南国阵中，方腊亲自监战，看见宋江亲自出马，便派遣方杰出战，想要捉拿宋江。而宋兵这边也准备迎战，想要擒获方腊。然而，就在南国的方杰准备出阵时，却突然传来了消息，说御林都教师贺从龙总督的军马去救歙州时，被宋兵的卢先锋活捉了过去，军马已经溃散，宋兵已经杀到了山后。
方腊听到这个消息后大惊失色，急忙传下圣旨收军，保护大内。方杰只好暂时委派杜微压住阵脚，等待方腊的御驾先行撤退。方腊的御驾回到清溪州界时，却听到大内城中喊声连天、火光遍地、兵马交加。原来是李俊、阮小五、阮小七、童威、童猛等人在清溪城里放起火来制造混乱。
方腊见状急忙调动御林军马去救城中火势并与宋军进行混战。宋江的军马看见南兵退去后也随后追杀过去。当他们赶到清溪时看见城中火起便知道有李俊等人在里面行事于是急忙命令众将招起军马分头杀入城中。此时卢先锋的军马也过了山两路宋兵会合一处对清溪大内起了四面夹攻。
宋江等诸将四面八方杀入城中各自去搜捉南军很快就打破了清溪的城郭。然而方腊却得到了方杰的引军保驾防护成功地逃入了帮源洞中。宋江等大队军马随后杀入清溪县中众将一路杀入方腊宫中搜刮金银财宝并放起火来把方腊的内外宫殿尽数烧毁府库钱粮也被搜索一空。
宋江与卢俊义的军马在清溪县内会合并聚集众将来请功受赏。在整点两处将佐时现长汉郁保四、女将孙二娘都被杜微的飞刀所伤致死；邹渊、杜迁在马军中被践踏而死；李立、汤隆、蔡福则因重伤不治而亡；阮小五也在早前在清溪县被娄丞相所杀。此外还擒捉了南国伪官九十二员等待进一步的处理。
然而在这场混战中却不见了娄丞相和杜微的下落。宋江一面出榜文安抚百姓一面将活捉的伪官解赴张招讨军前斩示众。后来有百姓报告说娄丞相因为杀了阮小五后见大兵打破清溪县无路可逃便在松林中自缢而死；而杜微则躲在他原来养的娼妓王娇娇家中被她的邻居举报并献了出来。宋江赏了那个邻居后令人先取了娄丞相的级再叫蔡庆将杜微剖腹剜心用他的血来祭奠秦明、阮小五、郁保四、孙二娘以及所有在清溪战中牺牲的将士们。
处理完这些事情后宋江亲自拈香祭赛了天地和阵亡的将士们。第二天他与卢俊义一起率领军马直抵帮源洞口将洞口团团围住准备一举拿下方腊。然而方腊在帮源洞中坚守不出宋江和卢俊义虽然围住了洞口却无计可施无法攻入洞中。两军就这样僵持了数日之久。
方腊在洞中如坐针毡也同样无计可施。正在他忧闷间忽然看见殿下锦衣绣袄的一大臣俯伏在地向他启奏道：“我王臣虽然不才但深受主上的圣恩宽大无以为报。臣凭借平日所学的兵法和武功愿意借主上一支军马去与宋江相持立退宋兵中兴国祚。不知主上意下如何请赐诏旨。”方腊听了大喜便传下敕令尽点山洞内的兵马让这位大臣带领出洞去与宋江交战。然而这场交战的胜败如何我们暂时还不知道只能先期待他的威风出众了。